Winters was te zien in twee van de Law & Order-televisieseries: Law & Order: Special Victims Unit, waar hij een vaste waarde was in het eerste seizoen, en als gastster in de Law & Order: Criminal Intent aflevering “Purgatory”. Hij maakte ook zijn opwachting in seizoen 2 van de televisieserie Sex and the City als John McFadden. Meer dan tien jaar na zijn laatste optreden in SVU, vertolkte hij opnieuw Detective Brian Cassidy in de finale van het 13de seizoen “Rhodium Nights”, werd een terugkerend personage in het 14de seizoen en, in het 15de seizoen, werd hij ook de love interest van Captain Olivia Benson. Hij heeft ook gastoptredens gedaan in Homicide: Life on the Street, Sex and the City, Third Watch, NYPD Blue, CSI: Miami en als Dennis Duffy in 30 Rock en had eerder een begeleidende rol in Rescue Me.
Hij speelde in 1999 in de romantische komedie Undercover Angel met Yasmine Bleeth en in 2002 in de direct-to-video horrorfilm Hellraiser: Hellseeker. Hij speelde Tom in PS, I Love You. Winters speelde de vader van detective Sam Tyler in de Amerikaanse versie van Life On Mars. Ook speelde hij Charley Dixon, Sarah Connor’s love interest, in Terminator: The Sarah Connor Chronicles.
Winters trad op als stand-up comedy bij Catch a Rising Star, The Comic Strip, en de Comedy Cellar naast bekende comedians Jerry Seinfeld, Paul Reiser, en Chris Rock. Een HBO comedy special leidde hem naar de rol die hij speelde in OZ, het door HBO geproduceerde gevangenisdrama.
Winters werd gecast in de ABC drama pilot Happy Town, van de makers van October Road, maar werd vervangen door Steven Weber na de opnames van de pilot.
Op 20 juni 2010 werd Winters geïntroduceerd als “Mayhem”, een terugkerend personage in een nieuwe televisie- en radioreclamecampagne voor Allstate Insurance, gemaakt door het reclamebureau Leo Burnett Chicago.
Hij speelde ook Avi in John Wick. Winters speelde mee in één seizoen van de CBS Network cop drama-serie Battle Creek, waarin hij een detective van het politiekorps van een klein stadje speelde tegenover Josh Duhamel, de inwonende FBI-agent die aan het stadje was toegewezen. De serie werd geannuleerd in mei 2015. Meest recentelijk, hernam hij zijn rol in Brooklyn Nine-Nine als The Vulture en had hij een bijrol als echtscheidingsadvocaat in de HBO-serie Divorce. In 2018 werd hij gecast als Mr. Town in het tweede seizoen van Starz American Gods.
In juni 2009 liep Winters een bacteriële infectie op en zakte hij bij aankomst bij zijn dokter in elkaar. Toen hij in een ambulance over Central Park werd vervoerd, kreeg hij een hartstilstand van meer dan twee minuten. Paramedici konden hem reanimeren en hij werd drie weken op de intensive care opgenomen. In de loop van het volgende jaar ontwikkelde hij gangreen, waardoor twee tenen en de helft van een duim moesten worden geamputeerd, en nog tien operaties, waaronder een huidtransplantatie. Winters was weg van acteren tot 2010, toen Tina Fey hem terugbracht naar 30 Rock, en hij begon te werken aan de tv-reclamecampagne Mayhem. In 2019 werkte Fey samen met Winters in een reeks Mayhem-commercials.