Elwha Dam met Lake Aldwell erachter. In het midden is de krachtcentrale te zien.
De rivier is de locatie van het grootste damverwijderingsproject in de geschiedenis. Het Elwha Ecosystem Restoration project is het op één na grootste ecosysteemherstelproject dat de National Park Service heeft geprobeerd, na de Everglades. De Elwha River Ecosystem and Fisheries Restoration Act van 1992 werd ondertekend door de eerste president Bush nadat het Congres het had goedgekeurd. De kosten van het project werden geraamd op 350 miljoen dollar. De wet machtigde de minister van Binnenlandse Zaken om de twee dammen in de rivier aan te kopen en te verwijderen en het ecosysteem en de inheemse anadrome visserij te herstellen.
De verwijdering van de 33 meter hoge Elwha-dam en de 64 meter hoge Glines Canyon-dam begon in september 2011. Begin 2010 werden twee stroomafwaartse waterbehandelingsinstallaties voltooid om de watervoorziening van de stad Port Angeles en de viskwekerijen te beschermen tegen slib en sediment dat stroomafwaarts zou wegspoelen zodra de dammen waren verwijderd. Om de visstand onder de dammen tijdens de verwijdering te beschermen, werden de dammen in drie jaar tijd verwijderd, met pauzes om ervoor te zorgen dat er geen slib in de rivier zou komen terwijl de zalmen stroomafwaarts paaiden.
De Elwha-dam werd in maart 2012 volledig ontmanteld. Daarna volgde de restauratie van het gebied rond de dam, met inbegrip van tienduizenden inheemse planten die in plaatselijke kassen werden aangeplant. De verwijdering van de Glines Canyon Dam werd voltooid in augustus 2014.
Zalmen zullen de 70 mijl (110 km) habitat in Olympic National Park op natuurlijke wijze opnieuw koloniseren. Het gebied dat ooit onder de stuwmeren lag, wordt opnieuw begroeid om erosie te voorkomen en het ecologisch herstel van het gebied te versnellen. Omdat bijna het gehele stroomgebied van de Elwha zich in een nationaal park bevindt, zou de rivier relatief ongerept moeten worden, met weinig van de problemen van landbouwafvoer en wateropwarming die andere rivierhabitats voor zalm in het noordwesten van de Stille Oceaan beïnvloeden. Modelprojecties van de Park Service laten zien dat tot 392.000 vissen 70 mijl leefgebied zullen vullen, wat theoretisch overeenkomt met de “piek van voor de dam”.
Tegen eind december 2012 had ongeveer 10 procent van de geschatte 25.000.000 kubieke yards (19.000.000 m3) sediment dat achter de twee dammen van de rivier was gevangen, zich verzameld bij de monding van de Elwha, waar zandbanken werden gevormd. Nu de Elwha-dam is verwijderd, is het sediment stroomafwaarts gestuwd doordat hevige regenval een snellere stroming veroorzaakte in de vrijstromende rivier. In november 2014 was 30 procent van het opgeslagen sediment naar de monding van de rivier getransporteerd, waardoor 28 hectare nieuw estuariumhabitat voor een grote verscheidenheid aan schelpdieren en andere soorten was ontstaan.
De benedenloop van de Elwha (onder het voormalige Aldwell Reservoir) is ingedeeld in klasse II.