In 1912 begon Roy E. Farmer in Los Angeles, Californië, een klein bedrijfje met het branden van koffiebonen en de verkoop ervan aan huis. Na een decennium van succes richtte Farmer in 1923 een vennootschap op en breidde tegelijkertijd de reikwijdte van het bedrijf uit met de verkoop van koffieapparatuur, onder andere door de overname van Western Urn Manufacturing. Naarmate het bedrijf groeide, begonnen ze filialen te openen in heel Californië, waarbij ze al snel een opmerkelijke aanwezigheid vestigden in het zich ontwikkelende San Francisco. Vanaf de jaren 1930 diversifieerde Farmer Brothers zich en omvatte niet alleen de verkoop en distributie van koffiebonen en apparatuur, maar ook een bredere selectie van ondersteunende foodservice artikelen.
Toen Roy E. Farmer in 1951 op 59-jarige leeftijd overleed, nam zijn zoon, Roy F. Farmer de leiding van het bedrijf over. De overgang bleek moeilijk voor het bedrijf, want de jongere Farmer werd in 1952 gedwongen het bedrijf naar de beurs te brengen. Toen Roy F. zich vestigde, was hij in staat de productie-efficiëntie sterk te verbeteren en de winstmarges te vergroten. In de daaropvolgende jaren van Roy F. Farmer’s ambtstermijn als voorzitter, CEO en president bereikte het bedrijf een piek van 240 miljoen dollar omzet in 1998. Op dat moment had het bedrijf bijna 100 vestigingen in 29 staten in het westen van de VS. In diezelfde periode raakte het bedrijf echter verstrikt in onrust onder aandeelhouders; aandeelhouders eisten meer transparantie in de activiteiten en marktstrategie van het bedrijf, wilden dat leidinggevenden samenwerkten met analisten van Wall Street en wilden dat er onafhankelijke bestuurders aan de raad van bestuur werden toegevoegd. Desondanks bleef het bedrijf tamelijk besloten en gesloten voor het publiek. Op het moment dat Roy F. Farmer overleed na meer dan 50 jaar aan het hoofd van het bedrijf te hebben gestaan (hij was 87) was er nog geen opvolger benoemd.
In de jaren na Farmer’s dood trad Guenter Berger op als chief executive en verliet Roy E. Farmer het bedrijf voor enige tijd. Enige tijd later werd Roger M. Laverty III aangesteld als CEO en President en tijdens zijn periode als Chief Executive verwierf Farmer Brothers Coffee Bean International en de Direct Store Delivery koffieactiviteiten van Sara Lee. De laatstgenoemde overname kostte naar verluidt 45 miljoen dollar. Hij was in dienst tot april 2011. Op dat moment werden Jeffrey Wahba (penningmeester en CFO) en Patrick Criteser (president en CEO van Coffee Bean International) door het bestuur aangesteld als co-CEO’s op interim-basis.
In maart 2012 benoemde het bedrijf een nieuwe CEO en president, Michael Keown. Keown kwam naar het bedrijf van WhiteWave Foods, een dochteronderneming van Dean Foods Company. Vervolgens benoemde Farmer Bros. op 15 april 2013 Mark Nelson als nieuwe CFO.
Op 28 april 2015 kondigde Farmer Brothers aan dat ze hun hoofdkantoor van Torrance naar Northlake, Texas zullen verplaatsen om jaarlijks ongeveer $ 12-$ 15 miljoen te besparen. President en CEO Mike Keown zei: “We zullen het hoofdkantoor van ons bedrijf verplaatsen naar een ultramoderne faciliteit op een locatie die centraal ligt ten opzichte van ons landelijke klantenbestand, en zorgen voor incrementele productiecapaciteit om toekomstige groei te ondersteunen.” Het nieuwe hoofdkantoor in Northlake wordt volgens planning in 2016 geopend en zal 300 nieuwe banen opleveren, waardoor het de grootste werkgever van Northlake wordt.
In 2016 heeft Farmer Brothers Boyd’s Coffee overgenomen.