Het museum werd in 1991 opgericht als het Children’s Museum of Snohomish County, als onderdeel van een initiatief van de Children’s Commission van de regering van Snohomish County om op kinderen gerichte plaatsen in Snohomish County te vestigen. Het museum werd in 1993 geopend in een winkelpand in het nabijgelegen Marysville, maar moest in 1995 verhuizen naar een tijdelijke ruimte in het centrum van Everett. Het provinciebestuur was van plan het museum permanent te vestigen in het McCollum Park in Mill Creek, maar de plannen liepen eind jaren negentig spaak, wat leidde tot een donatie van de familie Schack om een permanent museum in het centrum van Everett te financieren.
Het nieuwe museum van 4,75 miljoen dollar, een voormalig filiaal van de Everett Mutual Bank met een oppervlakte van 1.900 m2, werd geopend op 17 oktober 2004 en kreeg de nieuwe naam Imagine Children’s Museum. In het eerste jaar op de uitgebreide locatie meldde het museum een bezoekersaantal van 146.000, meer dan een verviervoudiging van het jaarlijkse bezoekersaantal op de tijdelijke locaties.
In 2020 kondigde het museum plannen aan voor een uitbreiding met vier verdiepingen die 47.000 vierkante voet (4.400 m2) zou toevoegen op het zuidelijke parkeerterrein. Het uitbreidingsproject, dat 25 miljoen dollar zou kosten, zou volgens de planning in 2022 worden geopend en onder meer exposities over boshabitats, een poppentheaterpodium en een bouwkraan in de openlucht omvatten.