De Saltdogs werden opgericht toen de Madison Black Wolf werden verkocht en verhuisden naar Lincoln na het seizoen 2000. De ploeg maakte van 2001 tot 2005 deel uit van de Northern League. Na het seizoen 2005 verlieten de Saltdogs (samen met de St. Paul Saints, Sioux City Explorers, en Sioux Falls Canaries) de Northern League om de American Association te vormen.
De Saltdogs claimden hun eerste competitietitel in 2009 en wonnen het American Association kampioenschap. Hun totale record in het reguliere seizoen was 49-47, maar Lincoln werd 27-21 om de tweede-helft North Division titel op te eisen en ging door naar het kampioenschap door de eerste-helft North Division kampioen Wichita Wingnuts te verslaan in de division series, drie games tegen twee. De Saltdogs eisten daarna de titel op door de South Division kampioen Pensacola Pelicans te verslaan met drie games tegen twee, waarbij game vijf werd beslist met een 2-1 score op Pelican Park in Pensacola.
Lincoln vierde in 2010 zijn 10-jarig jubileum en de ploeg verzekerde zich van zijn vierde plaats in de playoffs in de voorgaande vijf seizoenen. De Saltdogs eindigden met een totaal record van 51-45, de zevende keer in tien jaar dat Lincoln de 50-winst plaat haalde, en de negende keer in tien seizoenen dat de ploeg boven de .500 eindigde. Hoewel de Saltdogs in 2010 geen divisietitel wonnen was hun record toch goed genoeg om zich via een wildcard te kwalificeren voor het naseizoen. Lincoln heeft in zijn geschiedenis vier wild-card play-offs gewonnen, waarvan de eerste drie (2001, 2002, en 2005) tijdens de Northern League periode van de ploeg.
De Saltdogs haalden de play-offs in elk van hun eerste twee jaren in de American Association. In zowel 2006 als 2007 eindigden ze met het beste reguliere seizoen record van de competitie en wonnen drie van de vier North Division titels (zowel de eerste-helft en tweede-helft titel in 2006, en de eerste-helft titel in 2007). Hun 14-game winning streak in 2007 is de langste in de geschiedenis van de ploeg. De Saltdogs hadden het beste algemene record (272-204) van alle ploegen in de eerste vijf jaar van de American Association.
Kash Beauchamp was de eerste manager in de geschiedenis van de Saltdogs, hoewel zijn ambtstermijn slechts 42 wedstrijden duurde in het seizoen 2001, waarin de ploeg 21-21 (.500) werd. Werper Les Lancaster verving Beauchamp en loodste Lincoln naar playoffs in zowel 2001 als 2002. Lancaster fungeerde de eerste tien dagen van zijn managementperiode als speler-manager, voordat hij uitsluitend op de bank plaatsnam. Hij leidde de ploeg naar een record van 86-53 (.619) in het reguliere seizoen en een record van 6-7 in het naseizoen. Na het seizoen 2002 vertrok Lancaster en werd hij vervangen door Tim Johnson, voormalig manager van de Toronto Blue Jays. Johnson bracht zes seizoenen door bij de Saltdogs met een record van 314-252 (.555) in het reguliere seizoen en een record van 2-9 in het naseizoen. Lincoln haalde onder Johnson driemaal de playoffs (2005, 2006 en 2007) en won drie divisiekampioenschappen (American Association 2006 eerste-helft en tweede-helft North Division titels, 2007 eerste-helft North Division titel). Johnson nam aan het einde van het seizoen 2008 ontslag als manager en werd vervangen door Marty Scott, die tijdens het seizoen 2008 de Triple-A New Orleans Zephyrs onder zijn hoede had. Scott won tussen 1995 en 2000 twee kampioenschappen als manager van de St. Paul Saints en leidde Lincoln naar het kampioenschap van 2009, zijn vierde als manager. In twee seizoenen in Lincoln behaalde Scott een 100-92 (.521) record in het reguliere seizoen en een 6-7 record in het naseizoen.
In 2020 kondigde de competitie aan dat de Saltdogs niet waren geselecteerd als één van de zes ploegen om deel te nemen aan een verkort seizoen als gevolg van de COVID-19 pandemie. Ze zullen dit seizoen een pauze inlassen, met plannen om in 2021 terug te keren.
