De Mamluk dynastie
Dit proces van machtsovername werd belichaamd door en culmineerde in de oprichting van de Mamluk dynastie, die Egypte en Syrië regeerde van 1250 tot 1517 en waarvan de afstammelingen in Egypte overleefden als een belangrijke politieke kracht tijdens de Ottomaanse bezetting (1517-1798). De Koerdische generaal Saladin, die in 1169 de heerschappij over Egypte verwierf, volgde wat toen een traditie in de islamitische militaire praktijk was, door een slavenkorps in zijn leger op te nemen naast Koerdische, Arabische, Turkmeense en andere vrije elementen. Deze praktijk werd ook gevolgd door zijn opvolgers. Al-Malik al-Ṣāliḥ Ayyūb (1240-49) zou de grootste aankoper van slaven zijn geweest, voornamelijk Turkse, als middel om zijn sultanaat te beschermen tegen rivalen binnen de Ayyubidische dynastie en tegen de kruisvaarders. Na zijn dood in 1249 ontstond een strijd om zijn troon, waarbij de Mamlukse generaals zijn opvolger vermoordden en er uiteindelijk in slaagden een van hen tot sultan te benoemen. Voortaan werden Egypte en Syrië meer dan 250 jaar lang geregeerd door Mamluks of zonen van Mamluks.
De historici hebben het tijdperk van de Mamlukse heerschappij traditioneel in twee perioden verdeeld – de ene bestrijkt 1250-1382, de andere, 1382-1517. Westerse historici noemen de eerste de “Baḥrī” periode en de tweede de “Burjī”, vanwege de politieke dominantie van de regimenten die bekend stonden onder deze namen gedurende de respectievelijke perioden. De hedendaagse moslim historici verwezen naar dezelfde verdelingen als de “Turkse” en “Circassische” periodes, om de aandacht te vestigen op de verandering in etnische afkomst van de meerderheid van de Mamluks, die plaatsvond en aanhield na de toetreding van Barqūq in 1382, en op de effecten die deze verandering had op het wel en wee van de staat.
De historici zijn het er algemeen over eens dat de Mammelukse staat zijn hoogtepunt bereikte onder de Turkse sultans en vervolgens in een langdurige fase van verval raakte onder de Circassiërs. De voornaamste successen van de Turkse Mammelukken lagen in hun verdrijving van de overgebleven kruisvaarders uit de Levant en hun verplettering van de Mongolen in Palestina en Syrië; zij verdienden daarmee de dank van alle Moslims voor het redden van de Arabisch-Islamitische beschaving van de ondergang. Het is echter twijfelachtig of een dergelijk doel in hun plannen voorkwam; als heersers van Egypte streefden zij veeleer naar de wederopbouw van het Egyptische Rijk. De Mammelukken trachtten ook hun macht uit te breiden tot het Arabisch Schiereiland en tot Anatolië en Klein Armenië; om de achterhoede van Egypte te beschermen, trachtten zij hun aanwezigheid in Nubië te vestigen.
Om hun positie in de Islamitische wereld te consolideren, bliezen de Mammelukken het kalifaat, dat de Mongolen in 1258 hadden vernietigd, nieuw leven in en installeerden zij een kalief onder hun toezicht in Cairo. Hun beschermheerschap over de heersers van de heilige steden van Arabië, Mekka en Medina, diende hetzelfde doel. Spectaculaire successen in oorlog en diplomatie werden economisch ondersteund door de steun van de Mamluks aan industrieën en ambachten, alsmede door hun herstel van Egypte als de voornaamste handels- en doorvoerroute tussen het Oosten en het Middellandse-Zeegebied.
Tot de meest opmerkelijke Mamlukse sultans behoorden Baybars I (1260-77) en al-Malik al-Nāṣir (1293-1341). Het onvermogen van de Mamluks om een bekwame opvolger te vinden na de dood van laatstgenoemde verzwakte de kracht en de stabiliteit van hun rijk. Maar de historici van die tijd dateren het begin van de neergang van de dynastie vanaf de toetreding van de eerste Circassische sultan (Barqūq) in 1382, en beweren dat daarna de bevordering in de staat en het leger afhankelijk was van ras (d.w.z. Circassische afkomst) in plaats van van bewezen bekwaamheid in de krijgskunst, die tijdens de Turkse periode als voornaamste criterium voor bevordering had gediend. Het toegenomen belang dat aan de etnische afkomst werd gehecht, was echter slechts één oorzaak van de achteruitgang; economische en andere factoren waren even belangrijk of zelfs nog belangrijker. Een deel van de verklaring ligt ongetwijfeld in het onvermogen van de Mammelukken, verdeeld in vijandige facties, om de Bedoeïenen de nodige waarborgen te bieden voor een vreedzaam verloop van de handel en de landbouw. Bovendien droegen de demografische verliezen ten gevolge van de plagen die in Egypte en elders in het Oosten woedden, bij tot het economisch verval. Onder deze omstandigheden waren de Mamluks niet in staat Syrië te verdedigen tegen de Turkse veroveraar Timur (Timur Lenk) in 1400. Onder het bewind van sultan Barsbay (1422-38) werd de interne stabiliteit kort hersteld en de glorie van de Mamluken herleefde door de verovering van Cyprus in 1426. De steeds hogere belastingen die werden geëist om dergelijke ondernemingen te financieren, vergrootten echter de financiële moeilijkheden van de Mamluken. De laatste economische klap kwam met de Portugese aanval op de handel in de Rode Zee (ca. 1500), die gepaard ging met de Ottomaanse expansie in het Mamlukse gebied in Syrië. De Mamluken slaagden er niet in veldartillerie als wapen in te zetten, behalve in belegeringsoorlogen, en werden zowel in Syrië als in Egypte door de Osmanen verslagen. Vanaf 1517 vormden zij slechts een van de vele componenten van de politieke structuur van Egypte.
Cultureel gezien is de Mamlukse periode vooral bekend om zijn prestaties op het gebied van geschiedschrijving en architectuur en om een vergeefse poging tot sociaal-religieuze hervorming. De Mamlukse historici waren vruchtbare kroniekschrijvers, biografen en encyclopedisten; zij waren niet opvallend origineel, met uitzondering van Ibn Khaldūn, wiens vormende en creatieve jaren buiten het Mamlukse grondgebied in de Maghrib (Noord-Afrika) werden doorgebracht. Als bouwers van religieuze gebouwen – moskeeën, scholen, kloosters en vooral graftombes – schonken de Mamluken Caïro enkele van zijn meest indrukwekkende monumenten, waarvan er nog vele overeind staan; de Mamlukse graftombes zijn te herkennen aan de stenen koepels waarvan de massiviteit wordt gecompenseerd door geometrisch houtsnijwerk. Verreweg de beroemdste religieuze figuur uit die tijd was Ibn Taymiyyah, die door de Mamlukse autoriteiten gevangen werd gezet vanwege zijn pogingen om de Mamlukse islam te bevrijden van bijgeloof en buitenlandse toevoegingen.