De route werd in 1970 voor het eerst bedacht door Ron Strickland. Tussen 1970 en 1976 werd uitgebreid veldwerk verricht door Strickland en anderen, waaronder vroege supporters langs de PNT-corridor die hun uitgebreide kennis van lokale padensystemen aan de inspanning bijdroegen. In die tijd werd de Pacific Northwest Trail in elkaar geflanst met gebruikmaking van reeds bestaande paden en wegen van de Forest Service.
In 1977 richtte Strickland de Pacific Northwest Trail Association (PNTA) op, een organisatie die verantwoordelijk was voor educatie en informatie, onderhoud, en belangenbehartiging voor de PNT. In datzelfde jaar werden de eerste vijf succesvolle tochten van de Pacific Northwest Trail voltooid. Twee van deze wandelaars zouden later op de omslag van Backpacker Magazine verschijnen, in een uitgave van 1979 waarin de Pacific Northwest Trail aan een internationaal publiek werd voorgesteld. Eveneens in 1979 werd de eerste korte gids voor de PNT gepubliceerd door Signpost Magazine, dat later Washington Trails Association zou worden. De gids bestond uit twee pagina’s met een beschrijving van de route en was niet voorzien van kaarten.
In 1977 gaf het Congres toestemming voor een studie om de haalbaarheid en wenselijkheid te bepalen van de aanleg van een Pacific Northwest National Scenic Trail die zich uitstrekt tussen de Continental Divide in Glacier National Park en de Pacific Ocean strand van Olympic National Park en deze aan te wijzen als een eenheid van het National Trails System~ De studie, gestart in 1978, werd gezamenlijk uitgevoerd door de National Park Service en de U. S. Forest Service. Van verschillende personen, groepen en instanties werden ideeën verkregen over waar de route het best zou kunnen worden gesitueerd, aangezien in de wetgeving waarbij de studie werd goedgekeurd geen specifieke route was vastgesteld. Uit de voorgestelde route-ideeën werden vier alternatieven geïdentificeerd. voor analyse: (1) de meest landschappelijke route, (2) de minst kostbare route, (3) de route met de minste impact op het milieu, en (4) geen trail.
Op basis van een evaluatie van de vier alternatieven, stelde de studie vast dat een Pacific Northwest Trail de landschappelijke en recreatieve kwaliteiten zou hebben die nodig zijn voor aanwijzing als een National Scenic Trail, maar concludeerde dat de aanleg ervan niet haalbaar of wenselijk was en adviseerde het “geen trail” alternatief. Om tot deze aanbeveling te komen kwam de studie tot de conclusie dat er weinig nieuwe recreatiemogelijkheden zouden ontstaan als er een trail zou worden aangelegd omdat er in het grootste deel van het studiegebied al uitgebreide trail-systemen bestaan; dat de kosten van landaankoop en aanleg buitensporig hoog zouden zijn (van $64 miljoen tot $106 miljoen gebaseerd op een breedte van gemiddeld 1.000 voet en van $39 miljoen tot $60 miljoen voor een breedte van gemiddeld 500 voet) in vergelijking met de voordelen die hieruit zouden voortvloeien; en dat er aanzienlijke negatieve milieu-effecten zouden zijn op de grizzlybeer en op kwetsbare en vaak overbezette hooggelegen gebieden.
Ondanks de vastberadenheid van het rapport wandelde Ron Strickland in 1983 de gehele lengte van de PNT samen met de eerste cartograaf van de PNTA, Ted Hitzroth. Zij gebruikten de tijdens hun reis verzamelde informatie om de eerste volledige gids voor de PNT te ontwikkelen, die in 1984 werd gepubliceerd.
Tijdens de jaren ’80 en ’90 won de route aan populariteit. Er ontstonden regionale vrijwilligersgroepen die de PNTA hielpen bij het onderhoud en de verbetering van de PNT in hun gebied, waaronder SWITMO (Skagit Whatcom Island Trail Maintenance Organization) in het Puget Sound gebied, en de Yaak Trail Club, die hielp bij de selectie en het onderhoud van de route door de Yaak Valley in het noordwesten van Montana.
In 2000 kreeg de Pacific Northwest Trail zijn eerste federale erkenning, toen de regering Clinton de route aanwees als Millennium Trail. Meer federale erkenning zou komen in de daaropvolgende jaren. In 2002 werd het North Cascades National Park / Ross Lake National Recreation Area segment aangewezen als National Recreation Trail. Het Olympic National Park segment kreeg deze aanwijzing in 2003, en het Glacier National Park segment kreeg dezelfde aanwijzing in 2005.
In 2008 introduceerden Congreslid Norm Dicks en Senator Maria Cantwell wetgeving voor het Pacific Northwest National Scenic Trail in het Congres. De gecorrigeerde versie van de wetgeving voor de aanwijzing werd op 11 september 2008 goedgekeurd door de volledige commissie voor natuurlijke hulpbronnen van de Senaat van de VS, nadat de commissie getuigenissen had gehoord van vertegenwoordigers van de PNTA en federale landbeheerinstanties die verklaarden dat de in de haalbaarheidsstudie aan de orde gestelde problemen naar behoren waren aangepakt. De oorspronkelijke kostenramingen en de bezorgdheid over de milieueffecten waren voornamelijk gebaseerd op de aanleg van een nieuw pad dwars door de drie staten. Sinds de haalbaarheidsstudie is uitgevoerd, is de route die zou worden aangewezen als de Pacific Northwest National Scenic Trail echter aangesloten met gebruikmaking van reeds bestaande infrastructuur, waardoor de kosten sterk zijn gedaald en de gevolgen voor het milieu tot een minimum zijn beperkt. De door het comité goedgekeurde wetgeving werd vervolgens opgenomen in de Omnibus Public Lands Management Act. Het Congres nam de Omnibus Public Lands Management Act van 2009 aan op 25 maart van dat jaar, en de Pacific Northwest Trail werd de Pacific Northwest National Scenic Trail met de handtekening van president Obama op 30 maart.
De Public Lands Omnibus Act van 2009 plaatste de trail onder het beheer van het ministerie van Landbouw, met de United States Forest Service als beheerder van de trail. Toen het Congres de Pacific Northwest Trail in 2009 aanwees, gaven ze ook opdracht aan de Forest Service om binnen twee jaar een beheerplan op te stellen. Dit beheerplan moet de draagkracht van de trail bepalen en publiek toezicht omvatten. Een FACA-comité dat moest helpen bij het opstellen van het beheersplan werd pas in 2015 opgericht, al 4 jaar na de datum waarop het volgens de wet moest zijn uitgevoerd. De eerste vergadering van het FACA-comité werd pas in oktober 2015 gehouden en kwam 3 keer bijeen, en mocht in 2016 aflopen. Momenteel zijn de adviesraad en de interdisciplinaire comités inactief. Op dit moment voldoet de bosdienst dus acht jaar niet aan de wet die voorschrijft dat er binnen 2 jaar na 2009 een uitgebreid beheerplan had moeten zijn geïmplementeerd.
In 2017 vierde de Pacific Northwest Trail Association haar 40-jarig bestaan, evenals de 40e verjaardag van de eerste vijf thru-hikes van de trail.