De vijftiende in de rij, Missie San Juan Bautista, werd gesticht door Pater Lasuén op 24 juni 1797; de feestdag van Johannes de Doper, patroonheilige van de missie.
Zoals de missie bewaard is gebleven, is ook de charmante stad waarin zij staat bewaard gebleven. Naar het voorbeeld van een Spaanse stad staan in de omgeving van de missie een dertigtal historische gebouwen, die de bezoekers een beeld geven van het leven in de tijd van de missie. De missie ligt aan de Plaza San Juan Bautista. Het Plaza Hotel, daterend uit 1814, deed dienst als missiekazerne. Het Zenneta Huis, of de Plaza Hal, dateert uit 1868. De Plaza Stable werd gebouwd in 1874 om te dienen als tussenstop voor reizigers.
Mission San Juan Bautista bevindt zich in de ongelukkige positie dat het op de San Andreas Fault ligt. De krachtige aardbeving van 1906 ruïneerde de buitenste kerkmuren en andere gebouwen.
Nabij de missie staat een ongerept stuk van de beroemde El Camino Real, of Kings Highway. Net voorbij de muur van de begraafplaats staat een markering die de richting aangeeft waarin de weg liep die de 21 missies, in totaal 150 mijl, van San Diego tot San Rafael met elkaar verbond.
San Juan Bautista heeft de enige driebeukige kerk van alle missies. De booggewelven, die het midden van de zijbeuken scheiden, werden tijdens de aardbeving van 1812 verwoest. De paters vulden toen de twee zijbeuken op. Bij de kerkrestauratie in 1975 konden de zijbeuken echter weer worden geopend, waardoor de kerk haar oorspronkelijke driebeukige ontwerp terugkreeg.
Veel van de kerk blijft zoals het was in 1812, met het hoofdaltaar retabel en bultos grotendeels niet gerestaureerd. Let goed op de vloertegels van de kerk en u zult dierenafdrukken zien die werden gemaakt toen de tegels buiten in de zon te drogen werden gelegd. De kerk herbergt ook de grootste en meest complete collectie apostolaatsschilderijen in de missieketen.