Traditionele therapie voor H. pylori infectie bestaat uit 10 dagen tot 2 weken van een of twee effectieve antibiotica, zoals amoxicilline, tetracycline (niet te gebruiken voor kinderen <12 jg.), metronidazol, of claritromycine, plus ofwel ranitidine bismutcitraat, bismut subsalicylaat, of een protonpompremmer. Onderdrukking van het zuur door de H2-blokker of protonpompremmer in combinatie met de antibiotica helpt de symptomen van de maagzweer te verlichten (d.w.z. buikpijn, misselijkheid), helpt de ontsteking van het maagslijmvlies te genezen, en kan de werkzaamheid van de antibiotica tegen H. pylori aan het maagslijmvliesoppervlak vergroten. Momenteel zijn acht H. pylori behandelingsschema’s goedgekeurd door de Food and Drug Administration (FDA) (tabel 1); verschillende andere combinaties zijn echter met succes gebruikt. Resistentie tegen antibiotica en niet-naleving door de patiënt zijn de twee belangrijkste redenen voor het falen van de behandeling. De uitroeiingspercentages van de acht door de FDA goedgekeurde stelsels variëren van 61% tot 94%, afhankelijk van het gebruikte stelsels. In het algemeen hebben drievoudige therapieregimes betere eradicatiepercentages laten zien dan duale therapie. Een langere behandelingsduur (14 dagen versus 10 dagen) leidt tot betere eradicatiepercentages.
Er zijn ook veel natuurlijke remedies voorgesteld waarvan de werkzaamheid is aangetoond. Zo bleek uit een Japanse studie in april 2009 dat broccoli een effectief natuurlijk middel is tegen de H. pylori-bacterie. Men denkt dat de sulforfanen in broccolikiemen antimicrobiële eigenschappen hebben. In 1998 bleek uit een Israëlisch onderzoek dat extracten van kaneel de urease-enzymen remden bij het katalyseren van reacties in H. pylori-cellen. Er zijn verschillende andere stoffen die zijn aangeboden om H. pylori tegen te gaan, waaronder kruiden zoals knoflook en gember, oliën zoals kokosnoot- en oregano-olie en appelciderazijn.