De haven van Port Jefferson, aan de zuidkust van Long Island Sound ten oosten van Old Field Point, wordt binnengevaren via een uitgebaggerd kanaal dat leidt tussen twee steigers die in puin liggen naar een aanlegplaats nabij het zuidwestelijke uiteinde van de haven; de steigers zijn elk gemarkeerd door een licht. De aanloop wordt gemarkeerd door een verlichte fluitsignaalboei, ongeveer 1,1 mijl ten noordwesten van de ingang. Drie schoorstenen aan de westkant bij de kop van de haven zijn opvallende oriëntatiepunten. Er geldt een snelheidsbeperking van 12 km/u in het hoofdinvaartkanaal en een snelheidsbeperking van 5 km/u aan de kop van de haven in de buurt van de aanlegplaatsen en kades.
Er zijn faciliteiten voor kleine vaartuigen aan de kop van de haven.
Setauket Harbor heeft benzine, ligplaatsen, en beperkte scheepsbenodigdheden zijn verkrijgbaar bij de werf; een flatbed trailer kan vaartuigen tot 32 voet lang verslepen.
De toegang tot Port Jefferson Harbor is vrij, waarbij Mount Misery Shoal met dieptes van 7 tot 12 voet moet worden vermeden, ongeveer 0,8 mijl ten noordnoordoosten van de oostelijke steigerverlichting.
Een federaal project voorziet in een kanaal van 26 voet diep van Long Island Sound naar het zuidelijke einde van Port Jefferson Harbor. De vaargeul wordt gemarkeerd door verlichte en onverlichte boeien en een 146° verlichte waaier. In 1982 werd gemeld dat het door de nabijheid van de bakens moeilijk kan zijn om te bepalen wanneer ze op één lijn liggen. Verder werd gemeld dat het bereik kan worden verduisterd door schepen die vastliggen aan de oliekade aan de westkant van de haven.
Schollen met weinig diepte bevinden zich aan beide zijden van de vaargeul vanaf de ingang van Port Jefferson tot aan verlichte boei 5 binnen de ingang. De bodem van de oostelijke aanlegsteiger tot aan de verlichte belboei is gebroken, met ondiepten van 4 tot 11 voet. De verlichte belboei kan bij laag water door kleine schepen die de haven naderen niet over de golfbreker worden gezien.
De haven van Port Jefferson wordt binnengevaren via een uitgebaggerd kanaal dat tussen twee steigers, die in puin liggen, naar een aanlegplaats aan het zuidwestelijke eind van de haven leidt; de steigers zijn elk gemarkeerd door een licht. De aanloop wordt gemarkeerd door een verlichte fluitsignaalboei, ongeveer 1,1 mijl ten noordwesten van de ingang. Twee schoorstenen aan de westkant bij de kop van de haven zijn opvallende oriëntatiepunten.
Een 121°-301° gemeten zeemijl ligt ten westen van de ingang van Port Jefferson Harbor op Old Field Beach. De voorste bakens zijn oranje palen van ongeveer 2 meter hoog; de achterste bakens zijn rechthoeken op poten van ongeveer 2 meter hoog, rood geschilderd met een zwarte verticale streep van 2,5 cm in het midden.
Setauket Harbor, aan de westkant van Port Jefferson Harbor, heeft een smalle kromme vaargeul. In 1981 was er een gerapporteerde diepte van ongeveer 2½ voet in de vaargeul naar de werf in Setauket. De ingang vanuit Port Jefferson wordt gemarkeerd door particuliere seizoensboeien.