Port Jefferson Harbor, na południowym brzegu Long Island Sound na wschód od Old Field Point, jest wprowadzany przez pogłębiony kanał, który prowadzi między dwoma pirsami, które są w ruinie do obszaru dokowania w pobliżu południowo-zachodniego końca portu; pirsy są oznaczone światłem. Podejście do portu oznaczone jest oświetloną boją z gwizdkiem, około 1,1 mili na północny zachód od wejścia. Trzy kominy po zachodniej stronie w pobliżu główki portu są widocznymi punktami orientacyjnymi. W głównym kanale wejściowym obowiązuje ograniczenie prędkości do 12 mil/h, a w pobliżu miejsc do cumowania i nabrzeży na czele portu obowiązuje ograniczenie prędkości do 5 mil/h.
Na czele portu znajdują się urządzenia dla małych jednostek. Rampa do wodowania znajduje się na czele portu.
Setauket Harbor posiada benzynę, miejsca do cumowania i ograniczone zaopatrzenie morskie dostępne w stoczni; przyczepa na płaskiej platformie może wyciągnąć jednostki do 32 stóp długości.
Podejście do Port Jefferson Harbor jest czyste, należy uważać aby ominąć Mount Misery Shoal o głębokości 7 do 12 stóp, około 0.8 mili na północny-wschód od wschodniego światła nabrzeża.
Federalny projekt przewiduje kanał o głębokości 26 stóp od Long Island Sound do południowego końca Port Jefferson Harbor. Kanał jest oznaczony przez oświetlone i nieoświetlone boje oraz oświetlony zasięg 146°. W 1982 r. zgłoszono, że ze względu na bliskość świateł zasięgu może być trudno określić, kiedy znajdują się one w jednej linii. Ponadto podano, że zasięg może być zasłonięty przez statki uwiązane przy nabrzeżu naftowym po zachodniej stronie portu.
Płyty o niewielkiej głębokości znajdują się po obu stronach kanału od wejścia do Port Jefferson do oświetlonej boi dzwonowej nr 5 wewnątrz wejścia. Podłoże od wschodniego molo do oświetlonej boi dzwonowej jest połamane, z mieliznami pokrytymi od 4 do 11 stóp. Małe statki zbliżające się do portu nie są w stanie dostrzec oświetlonej boi dzwonowej nad falochronem w czasie odpływu.
Do Port Jefferson Harbor wchodzi się przez pogłębiony kanał, który prowadzi między dwoma zrujnowanymi pirsami do miejsca dokowania w pobliżu południowo-zachodniego krańca portu; każdy z pirsów jest oznaczony światłem. Podejście do portu oznaczone jest oświetloną boją z gwizdkiem, około 1,1 mili na północny zachód od wejścia. Dwa kominy po zachodniej stronie w pobliżu głowy portu są widocznymi punktami orientacyjnymi.
Milę morską mierzącą 121°-301° odmierza się na zachód od wejścia do Port Jefferson Harbor na Old Field Beach. Przednie znaczniki to pomarańczowe słupki o wysokości około 8 stóp; tylne znaczniki to prostokąty zamontowane na nogach o wysokości około 12 stóp, pomalowane na czerwono z 6-calowym czarnym pionowym paskiem pośrodku.
Przystań Setauket, po zachodniej stronie Port Jefferson Harbor, ma wąski krzywy kanał. W 1981 roku, zgłoszone głębokość około 2 ½ stóp był dostępny w kanale do stoczni w Setauket. Wejście z Port Jefferson jest oznaczone przez prywatne boje sezonowe.