Znaleziono nowe dowody obciążające innego oficera, ale został on uniewinniony przez sąd wojenny. Dreyfusowi pozwolono jednak wrócić do Francji w 1899 roku, aby przedstawił swoją sprawę przed Sądem Najwyższym. Sąd wezwał do ponownego rozpatrzenia sprawy i Dreyfus został ponownie uznany za winnego. Tak wielkie było oburzenie wśród jego zwolenników, że prezydent Émile Loubet ułaskawił go kilka dni później.
Ale spora część opinii publicznej nadal uważała go za winnego. Kiedy w 1902 roku uczestniczył w pogrzebie Zoli, został ranny podczas próby zamachu. W końcu, w 1903 roku, nowy lewicowo-centrowy rząd nakazał Sądowi Najwyższemu ponowne rozpatrzenie ustaleń sądu wojennego z 1899 roku. W 1906 roku Dreyfus został ostatecznie oczyszczony z zarzutów.
Najwyraźniej łatwiej jest świętować setną rocznicę tego triumfu sprawiedliwości niż wcześniejsze rocznice mniej krzepiących momentów w tej sprawie. W 1994 roku, 100 lat po oskarżeniu Dreyfusa, historyk armii francuskiej poddał w wątpliwość niewinność Dreyfusa, określając ją jako „tezę”, która jest obecnie powszechnie akceptowana przez historyków. W 1999 r., w setną rocznicę drugiego sądu wojennego, armia nie złożyła żadnego mea culpa.
Jedną z nowości na wystawie w Muzeum Sztuki i Historii Judaizmu, która potrwa do 1 października, jest nacisk na samego Dreyfusa. Często przedstawiany jako beznamiętny obserwator własnej tragedii, tutaj został ukazany jako żarliwy obrońca swojej niewinności.
To także teza nowej biografii, „Alfred Dreyfus: Honor patrioty”, autorstwa Vincenta Duclerta, francuskiego historyka, który zorganizował wystawę wraz z Anne Hélène Hoog, kuratorką z muzeum.
Ponadto, w czymś, co wydaje się być odważną próbą zamknięcia Afery Dreyfusa, pan Duclert zaproponował, by szczątki Dreyfusa zostały złożone obok szczątków Zoli w Panteonie, miejscu ostatecznego spoczynku bohaterów francuskiej republiki. Decyzję w tej sprawie musiałby podjąć prezydent Jacques Chirac, który podobno zdecydował się przewodniczyć specjalnej ceremonii w École Militaire z okazji rocznicy w przyszłą środę.
W każdym razie Jean-Louis Lévy, wnuk Dreyfusa, uważa, że jeszcze nie nadszedł czas na przeniesienie szczątków.