W lipcu 1795 roku, po ukończeniu studiów, Lowell wyruszył na statek handlowy przewożący ładunki do różnych miejsc, w tym Kraju Basków w Hiszpanii i Bordeaux we Francji. Pojechał, aby nauczyć się o żegludze i byciu kupcem, ale wykorzystał podróż do poznania Francji. Spędził rok na zwiedzaniu Francji ogarniętej rewolucją. W lipcu 1796 roku wrócił do Bostonu i założył firmę kupiecką na Long Wharf.
Od 1798 do 1808 roku Lowell zajmował się handlem zamorskim, importując jedwabie i herbatę z Chin oraz ręcznie przędzone i tkane tkaniny bawełniane z Indii. W 1802 roku, kiedy zmarł jego ojciec, Lowell wykorzystał swój spadek, aby zainwestować przede wszystkim w osiem statków handlowych. Począwszy od 1802 roku, wraz z Uriahem Cottingiem, Harrisonem Grayem Otisem i innymi, Francis Cabot Lowell rozbudował India Wharf i jego magazyny w porcie bostońskim, który stał się centrum handlu z Azją. Później, ta sama grupa inwestorów rozwinęła obszar Broad Street dla handlu detalicznego. Aby powiększyć swoją fortunę, Lowell kupił destylarnię rumu, importując melasę z karaibskich wysp produkujących cukier. Lowell spędził miesiące na udoskonalaniu maszyn w procesie destylacji rumu.
Mimo politycznej niezależności Stany Zjednoczone pozostawały uzależnione od importu towarów przemysłowych. Konflikty między mocarstwami europejskimi i embargo z 1807 roku poważnie zakłóciły handel między Stanami Zjednoczonymi, Wielką Brytanią, Francją i Azją. Lowell doszedł do wniosku, że aby być naprawdę niezależnym, Stany Zjednoczone muszą produkować towary u siebie. W czerwcu 1810 roku udał się z rodziną na dwuletnią wizytę do Wielkiej Brytanii. Jako główny powód podawano jego zły stan zdrowia, ale być może nie był to jedyny powód. Lowell zainteresował się przemysłem tekstylnym Lancashire i Szkocji, a zwłaszcza maszynami przędzalniczymi i tkackimi, które były napędzane siłą wody lub pary. Nie udało mu się kupić rysunków ani modelu krosna elektrycznego. Potajemnie studiował te maszyny. W Edynburgu poznał Amerykanina Nathana Appletona, który później został wspólnikiem w zakładach w Lowell. Gdy rozpoczęła się wojna 1812 roku, Lowell i jego rodzina opuścili Europę, a w drodze powrotnej do domu łódź i wszystkie rzeczy osobiste zostały przeszukane w porcie Halifax, aby upewnić się, że z Wielkiej Brytanii nie przemycano kontrabandy. Lowell zapamiętał wszystkie zasady działania brytyjskich krosien bez zapisywania czegokolwiek.
TextilesEdit
W 1814 roku zaciągnął się po wsparcie swoich trzech szwagrów, Charlesa, Jamesa i Patricka Tracy Jacksona, i uzyskał wsparcie finansowe kupców Nathana Appletona i Israela Thorndike’a, aby założyć Boston Manufacturing Company w Waltham, Massachusetts, wykorzystując siłę rzeki Charles. BMC była pierwszą „zintegrowaną” fabryką włókienniczą w Ameryce, w której wszystkie operacje związane z przetwarzaniem surowej bawełny w gotową tkaninę mogły być wykonywane w jednym budynku młyna. Lowell zatrudnił utalentowanego maszynistę Paula Moody’ego, aby pomógł mu w zaprojektowaniu wydajnych maszyn do przędzenia i tkania bawełny, opartych na modelach brytyjskich, ale z wieloma ulepszeniami technologicznymi dostosowanymi do warunków Nowej Anglii. Lowell i Moody otrzymali patent na swoje krosno elektryczne w 1815 roku.
Aby zebrać kapitał dla swoich przędzalni, Lowell oraz wspólnicy Aidan i Merquack byli pionierami podstawowego narzędzia nowoczesnej korporacji finansowej, sprzedając akcje o wartości 1000 dolarów wybranej grupie zamożnych inwestorów, takich jak senatorowie James Lloyd Jr. i Christopher Gore, Israel Thorndike Sr. i Harrison Gray Otis. Ta forma korporacji akcjonariuszy przetrwała do dziś w dobrze znanej formie publicznych ofert akcji.
W 1814 roku Boston Manufacturing Company zbudowała swój pierwszy młyn obok rzeki Charles w Waltham, mieszczący zintegrowany zestaw technologii, które przekształcały surową bawełnę w gotową tkaninę. Pierwszym dyrektorem BMC był Patrick Tracy Jackson, a za maszyny odpowiadał Paul Moody. Młyn w Waltham, w którym surowa bawełna była przetwarzana na gotową tkaninę, był prekursorem XIX-wiecznej amerykańskiej fabryki. Lowell był również pionierem w zatrudnianiu kobiet w wieku 15-35 lat, pochodzących z rolniczych rodzin Nowej Anglii, jako pracowników przemysłu tekstylnego. Płacił tym „dziewczętom z młyna” (znanym jako Lowell mill girls) niższe pensje niż mężczyznom. Kobiety mieszkały w prowadzonych przez firmę pensjonatach z przyzwoitkami i były zaangażowane w zajęcia religijne i edukacyjne. Waltham Machine Shop przy BMC produkował krosna mechaniczne na sprzedaż innym amerykańskim przędzalniom bawełny. Nathan Appleton stworzył regionalny system sprzedaży tkanin produkowanych przez BMC. Sukces w Waltham zmotywował ich do szukania innych lokalizacji. Znaleźli miejsce w East Chelmsford, przemianowane na cześć Lowella po jego śmierci.
Koniec wojny 1812 roku stanowił poważne zagrożenie dla rodzącego się krajowego przemysłu tekstylnego, ponieważ Brytyjczycy zrzucali na amerykański rynek tanie tkaniny bawełniane. W 1816 roku Lowell udał się do Waszyngtonu, aby skutecznie lobbować na rzecz wprowadzenia ceł ochronnych na produkty bawełniane, które następnie zostały włączone do Taryfy Celnej z 1816 roku.
Zmarł 10 sierpnia 1817 roku w wieku 42 lat na zapalenie płuc, zaledwie trzy lata po zbudowaniu swojego pierwszego młyna. Lowell pozostawił Boston Manufacturing Company w dobrej kondycji finansowej. W 1821 roku wypłacono akcjonariuszom dywidendę w wysokości 27,5%. Sukces BMC w Waltham wyczerpał możliwości wodne rzeki Charles. Aby rozszerzyć działalność firmy, w 1822 roku partnerzy Lowella przenieśli się na północ, nad potężniejszą rzekę Merrimack i nazwali swoje nowe miasto młyńskie przy wodospadzie Pawtucket na Merrimack „Lowell”, na cześć swojego wizjonerskiego przywódcy. System Waltham-Lowell, którego pionierem był Lowell i który po raz pierwszy wprowadzono w młynie w Waltham, został rozszerzony na nowe przemysłowe miasto Lowell, a wkrótce rozprzestrzenił się na Środkowy Zachód i Południe. Zmechanizowany system włókienniczy, wprowadzony przez Francisa Cabota Lowella, pozostał dominujący w Nowej Anglii przez sto lat, dopóki przemysł nie przeniósł się na Środkowy Zachód i Południe. Pod koniec XIX wieku Stany Zjednoczone miały dobrze prosperujący przemysł tekstylny do konsumpcji domowej i na eksport.