Grzybicze zapalenie opon mózgowych ma tendencję do bycia procesem podostrym lub przewlekłym; jednakże, może być tak samo śmiertelne jak bakteryjne zapalenie opon mózgowych, jeśli nie jest leczone. Istnieje wiele podobieństw pomiędzy patogennymi grzybami. Większość grzybów ulega aerozolizacji i wdychaniu, zapoczątkowując pierwotną infekcję płucną, która zwykle jest samoograniczająca się. Po początkowym zakażeniu może dojść do rozsiewu hematogennego, a następnie do zajęcia OUN. Rzadko drogą do zakażenia OUN jest uraz lub rozszerzenie miejscowe. Gospodarz jest często, choć nie zawsze, w stanie immunosupresji. Grzyby pleśniowe powodują na ogół chorobę ogniskową z krwotoczną martwicą wtórną do zakrzepicy naczyń krwionośnych. Drożdże mają tendencję do wywoływania bardziej rozproszonego procesu, w którym głównie dotknięta jest podstawa mózgu, tak że wodogłowie jest postrzegane jako częste powikłanie przewlekłej choroby. Diagnoza może być trudna, ponieważ płyn mózgowo-rdzeniowy może być prawidłowy, z ujemnymi rozmazami i jałowymi kulturami, chociaż częściej występuje co najmniej jedna nieprawidłowość wskazująca na chorobę. Badania serologiczne (jeśli są dostępne, w zależności od rodzaju grzyba) mogą pomóc w ustaleniu właściwego rozpoznania, podobnie jak dokładny wywiad dotyczący podróży. Obecnie, amfoterycyna B jest nadal lekiem z wyboru w większości sytuacji; jednakże, nowsze azolowe leki przeciwgrzybicze oferują wiele obietnic, szczególnie w leczeniu kryptokokowego zapalenia opon mózgowych. Dokładna rola tych leków pozostanie niejasna do czasu zakończenia odpowiednich badań na dużą skalę dotyczących ich skuteczności. Leczenie nietypowych grzybic OUN będzie nadal opierało się na doświadczeniu klinicznym, a doniesienia o stosowaniu nowych azoli w tych chorobach wymagają krytycznej oceny.