Muzeum zostało założone w 1991 roku jako Children’s Museum of Snohomish County, jako część ogólnokrajowej inicjatywy mającej na celu stworzenie miejsc zorientowanych na dzieci w hrabstwie Snohomish przez Komisję ds. Muzeum zostało otwarte w 1993 roku w sklepie w pobliskim Marysville, ale w 1995 roku zostało zmuszone do przeniesienia się do tymczasowej siedziby w centrum Everett. Rząd hrabstwa planował umieścić muzeum na stałe w McCollum Park w Mill Creek, ale plany upadły pod koniec lat 90-tych, co doprowadziło do darowizny rodziny Schack na rzecz stałego muzeum w centrum Everett.
Nowe muzeum o wartości 4,75 miliona dolarów, dawny oddział Everett Mutual Bank o powierzchni 20,000 stóp kwadratowych (1,900 m2), zostało otwarte 17 października 2004 roku i zostało przemianowane na Imagine Children’s Museum. W pierwszym roku w rozszerzonej lokalizacji, muzeum odnotowało frekwencję 146 000, ponad czterokrotnie większą niż roczna frekwencja w tymczasowych lokalizacjach.
W 2020 roku muzeum ogłosiło plany czteropiętrowej ekspansji, która doda 47 000 stóp kwadratowych (4 400 m2) na południowym parkingu. Projekt rozbudowy, który kosztowałby 25 milionów dolarów, ma zostać otwarty w 2022 roku i zawierać eksponaty na temat siedlisk leśnych, scenę teatru lalek i zewnętrzny dźwig budowlany.