Najwyższa klasyfikacja klasy Mammalia opiera się na uwzględnieniu szerokiego wachlarza cech. Tradycyjnie, dowody z anatomii porównawczej miały dominujące znaczenie, ale ostatnio, informacje z takich dyscyplin jak fizjologia, serologia (badanie reakcji immunologicznych w płynach ustrojowych) i genetyka okazały się przydatne w rozważaniach na temat relacji. Badania porównawcze organizmów żywych są uzupełniane przez odkrycia paleontologii. Badanie zapisów kopalnych dodaje historyczny wymiar do wiedzy o związkach między ssakami. W niektórych przypadkach – na przykład koni – zapis kopalny jest wystarczający, by umożliwić bardzo szczegółowe prześledzenie linii rozwojowych.
W porównaniu z innymi głównymi grupami kręgowców, zapis kopalny ssaków jest dobry. Skamieniałość zależy od bardzo wielu czynników, z których najważniejsze to budowa organizmu, jego środowisko i warunki panujące w chwili śmierci. Najczęstszymi szczątkami ssaków są zęby i związane z nimi kości szczęki i czaszki. Szkliwo pokrywające typowy ząb ssaka składa się z pryzmatycznych pręcików krystalicznego apatytu i jest najtwardszą tkanką w organizmie ssaka. Jest ono bardzo odporne na chemiczne i fizyczne czynniki atmosferyczne. Ze względu na obfitość zębów w depozytach kopalnych ssaków, cechy zębowe zostały podkreślone w interpretacji filogenezy i relacji ssaków. Cechy zębowe szczególnie dobrze nadają się do tej ważnej roli w klasyfikacji, ponieważ odzwierciedlają szerokie promieniowanie specjalizacji żywieniowych ssaków od prymitywnego nawyku drapieżnego.
J. Knox Jones David M. Armstrong Don E. Wilson
Klasyfikacja ta została zmodyfikowana na podstawie klasyfikacji Malcolma C. McKenna i Susan K. Bell (1997) w celu sklasyfikowania wyższych kategorii ssaków, przy znaczącym wkładzie Dona E. Wilsona i DeeAnn M. Reeder (2005); wymarłe grupy nie są wymienione.
- Klasa Mammalia (ssaki) Około 5500 gatunków w 29 rzędach.
- Podklasa Prototheria (monotremes, ssaki składające jaja) Tutaj 5 gatunków jest sklasyfikowanych w 2 rzędach, ale monotremes były tradycyjnie klasyfikowane razem w jednym rzędzie, Monotremata.
- Order Tachyglossa (echidny) 4 gatunki w 1 rodzinie.
- Order Platypoda (platypus) 1 gatunek.
- Podklasa Theria (ssaki żyworodne)
- Metatheria (marsupiale) Ponad 330 gatunków w 7 rzędach.
- Order Diprotodontia (kangury, koale, wombaty, oposy, i krewni) Ponad 140 gatunków w 11 rodzinach.
- Kolejność Dasyuromorphia (mięsożerne marsupiale) Około 70 gatunków w 3 rodzinach, nie licząc wymarłego thylacine (wilk tasmański), jedynego członka rodziny Thylacinidae.
- Order Peramelemorphia (bandicoots i bilbies) Około 21 gatunków w 3 rodzinach.
- Order Notoryctemorphia (krety marsupialne) 2 gatunki w 1 rodzinie.
- Order Microbiotheria (monito del monte) 1 gatunek (Dromiciops gliroides).
- Order Didelphimorphia (oposy) Około 90 gatunków w 1 rodzinie.
- Order Paucituberculata (ryjówki, lub szczury, oposy) 6 gatunków w 1 rodzinie.
- Eutheria (ssaki łożyskowe) Ponad 5,000 gatunków w 20 rzędach.
- Rząd Rodentia (gryzonie) Prawie 2300 gatunków w 30 rodzinach.
- Order Chiroptera (nietoperze) Ponad 1,100 gatunków w 18 rodzinach.
- Order Soricomorpha (ryjówki, krety, i krewnych) Około 430 gatunków w 4 rodzinach. Krety (rodzina Talpidae) są czasami klasyfikowane z jeżami w Erinaceomorpha.
- Order Afrosoricida (złote krety i tenrecs) Około 50 gatunków w 2 rodzinach.
- Order Erinaceomorpha (jeże) 24 gatunków w 1 rodzinie.
- Order Primates (ludzie, małpy, małpy, lemury, i krewnych) Około 375 gatunków w 15 rodzin. Colugos są czasami klasyfikowane jako oddzielny rząd, Dermoptera.
- Grandorder Ungulata (kopytne) Około 350 gatunków w 7 rzędach.
- Rząd Artiodactyla (kopytne) Około 240 gatunków w 10 rodzinach, w tym żyrafy, wielbłądy, jelenie, bydło, świnie, owce, kozy i krowy.
- Order Cetacea (wieloryby, delfiny i morświny) Ponad 80 gatunków w 11 rodzinach.
- Rząd Perissodactyla (nieparzystokopytne) 17 gatunków w 3 rodzinach, w tym konie, nosorożce, tapiry i krewni.
- Uranotherians Następujące trzy rzędy kopytnych (Sirenia, Proboscidea, i Hyracoidea) są czasami zgrupowane razem jako rząd Uranotheria, ponieważ są one bardziej blisko spokrewnione ze sobą niż z innymi kopytnymi.
- Rząd Hyracoidea (hraksy) 4 gatunki w 1 rodzinie.
- Order Sirenia (manaty i diugonie) 5 gatunków w 2 rodzinach.
- Order Proboscidea (słonie) 3 gatunki w 1 rodzinie.
- Order Tubulidentata (aardvark) 1 gatunek (Orycteropus afer).
- Order Carnivora (mięsożercy) Prawie 290 gatunków w 15 rodzinach.
- Order Lagomorpha (sikorki i króliki) 92 gatunki w 3 rodzinach.
- Magnorder Xenarthra (edentates, lub xenarthrans) 31 gatunków w 2 rzędach.
- Order Cingulata (armadillos) 20 gatunków w 1 rodzinie.
- Order Pilosa (mrówkojady i leniwce) 10 gatunków w 4 rodzinach.
- Rząd Scandentia (ryjówki drzewne) 20 gatunków w 2 rodzinach.
- Order Macroscelidea (ryjówki słoniowe) 15 gatunków w 1 rodzinie.
- Order Pholidota (pangoliny) 8 gatunków w 1 rodzinie.
- Metatheria (marsupiale) Ponad 330 gatunków w 7 rzędach.
- Podklasa Prototheria (monotremes, ssaki składające jaja) Tutaj 5 gatunków jest sklasyfikowanych w 2 rzędach, ale monotremes były tradycyjnie klasyfikowane razem w jednym rzędzie, Monotremata.
.