The Saltdogs zostały utworzone, gdy Madison Black Wolf zostały sprzedane i przeniesione do Lincoln po sezonie 2000. Drużyna była członkiem Northern League od 2001 do 2005 roku. Po sezonie 2005, Saltdogs (wraz z St. Paul Saints, Sioux City Explorers i Sioux Falls Canaries) opuścili Northern League i założyli American Association.
The Saltdogs zdobyli swój pierwszy tytuł ligowy w 2009 roku, wygrywając mistrzostwo American Association. Ich ogólny rekord sezonu regularnego wynosił 49-47, ale Lincoln osiągnął 27-21, aby zdobyć tytuł w drugiej połowie Dywizji Północnej i awansował do mistrzostw pokonując mistrza pierwszej połowy Dywizji Północnej Wichita Wingnuts w serii dywizji, trzy mecze do dwóch. Następnie Saltdogs zdobyli tytuł pokonując mistrza Dywizji Południowej Pensacola Pelicans trzy mecze do dwóch, z piątym meczem rozstrzygniętym wynikiem 2-1 na Pelican Park w Pensacola.
Lincoln obchodziło 10 rocznicę w 2010 roku, a drużyna zapewniła sobie czwarte miejsce w playoffach w ciągu ostatnich pięciu sezonów. The Saltdogs zakończyli rozgrywki z bilansem 51-45, siódmy raz w ciągu dziesięciu lat Lincoln osiągnęło pułap 50 zwycięstw i dziewiąty raz w ciągu dziesięciu sezonów drużyna zakończyła rozgrywki powyżej poziomu .500. Mimo, że Saltdogs nie zdobyli tytułu dywizji w 2010 roku, ich ogólny rekord był wystarczająco dobry, aby zakwalifikować się do sezonu posezonowego poprzez zdobycie miejsca z dziką kartą. W swojej historii Lincoln zdobyło cztery miejsca w playoffach z dziką kartą, z czego pierwsze trzy (2001, 2002 i 2005) były zdobyte w czasie gry w Northern League.
The Saltdogs dostali się do playoffów w każdym z dwóch pierwszych lat w American Association. Zarówno w 2006 jak i 2007 roku, skończyli z najlepszym w lidze rekordem sezonu regularnego, wygrywając trzy z czterech tytułów North Division (zarówno tytuł pierwszej i drugiej połowy w 2006 roku, jak i tytuł pierwszej połowy w 2007 roku). Ich 14-meczowa passa zwycięstw w 2007 roku jest najdłuższą w historii drużyny. The Saltdogs mieli najlepszy ogólny rekord (272-204) jakiejkolwiek drużyny w pierwszych pięciu latach istnienia American Association.
Kash Beauchamp był pierwszym menadżerem w historii Saltdogs, chociaż jego kadencja trwała tylko 42 mecze w sezonie 2001, podczas których drużyna przeszła 21-21 (.500). Miotacz Les Lancaster zastąpił Beauchampa, prowadząc Lincoln do playoff w 2001 i 2002 roku. Lancaster służył jako gracz-menedżer przez pierwsze dziesięć dni swojej kadencji, zanim przeniósł się wyłącznie na ławkę. Poprowadził drużynę do rekordu sezonu regularnego 86-53 (.619) i rekordu posezonowego 6-7. Po sezonie 2002 Lancaster odszedł i został zastąpiony przez byłego menedżera Toronto Blue Jays, Tima Johnsona. Johnson spędził sześć sezonów z Saltdogs, zbierając 314-252 (.555) rekordów w sezonie regularnym i 2-9 w postseason. Lincoln pod wodzą Johnsona trzykrotnie występowało w playoffach (2005, 2006 i 2007) i zdobyło trzy mistrzostwa dywizji (tytuł pierwszej połowy i drugiej połowy North Division w American Association 2006, tytuł pierwszej połowy North Division w 2007). Johnson zrezygnował z funkcji menedżera pod koniec sezonu 2008, a jego miejsce zajął Marty Scott, który w sezonie 2008 zarządzał drużyną Triple-A New Orleans Zephyrs. Scott zdobył dwa mistrzostwa w latach 1995-2000 jako menedżer St. Paul Saints i poprowadził Lincoln do mistrzostwa w 2009 roku, które było jego czwartym mistrzostwem jako menedżera. W ciągu dwóch sezonów w Lincoln, Scott zebrał 100-92 (.521) rekord sezonu regularnego i 6-7 rekord posezonowy.
W 2020 roku, liga ogłosiła, że Saltdogs nie zostali wybrani jako jeden z sześciu zespołów do udziału w skróconym sezonie w wyniku pandemii COVID-19. Zostaną zawieszeni na ten sezon, z planami powrotu w 2021 roku.
