Lisy latające w Australii są znane z przenoszenia dwóch infekcji, które mogą stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia ludzi – australijskiego nietoperza lyssavirus i wirusa hendra (Henipavirus). Te choroby przenoszone przez nietoperze, unikalne dla Queensland, są jednymi z najbardziej śmiercionośnych wirusów w świecie zachodnim. Chociaż są rzadkie, choroby te nadal stanowią zagadkę dla lekarzy. Choroby przenoszone przez nietoperze są prawie zawsze śmiertelne. Zakażenia ludzi tymi wirusami są na szczęście bardzo rzadkie.
Wirus Hendra jest wirusem infekującym głównie megabaty (duże nietoperze owocożerne, czyli „latające lisy”), który może być przenoszony na konie. Podobnie jak ebola i marburg, hendra jest gorączką krwotoczną o wysokiej lub bardzo wysokiej śmiertelności (50-90%). Zarówno wirus ebola, jak i wirus marburg zostały powiązane z megabatami jako wektorami zakażenia. Uważa się, że konie zarażają się wirusem Hendra poprzez spożywanie pokarmu lub wody zanieczyszczonej płynami ustrojowymi i wydalinami zakażonych megabatów. Wirus może być śmiertelny zarówno dla ludzi, jak i dla koni. Gdy nie ma obsługi lub bezpośredniego kontaktu fizycznego z latającymi lisami, ryzyko dla zdrowia publicznego jest znikome.
Tylko trzy osoby są znane z tego, że przeżyły wirusa Hendra przenoszonego przez nietoperze.Do tej pory ponad połowa wszystkich ludzi, którzy zarazili się wirusem Hendra zmarła w ciągu sześciu tygodni, jednak nie było osób, które przeżyły drugą chorobę przenoszoną przez nietoperze w Queensland. W 1994 roku lizawirus – bliski krewny wirusa wścieklizny – został po raz pierwszy wykryty u latającego lisa wykazującego objawy w pobliżu Ballina, NSW (która leży na granicy z Queensland). Lyssavirus zabił jedyne trzy osoby, które kiedykolwiek na niego zachorowały.