Elwha Dam with Lake Aldwell behind. Elektrownia widoczna w centrum.
Rzeka jest miejscem największego w historii projektu usuwania zapór. Projekt odbudowy ekosystemu Elwha jest drugim co do wielkości projektem odbudowy ekosystemu, jaki podjęła Służba Parków Narodowych, po Everglades. Elwha River Ecosystem and Fisheries Restoration Act of 1992 został podpisany przez pierwszego prezydenta Busha po tym, jak został uchwalony przez Kongres. Przewidywano, że projekt będzie kosztował 350 milionów dolarów. Ustawa upoważniła Sekretarza Spraw Wewnętrznych do nabycia i usunięcia dwóch zapór na rzece oraz przywrócenia ekosystemu i rodzimych łowisk anadromicznych.
Usuwanie zapory Elwha o wysokości 108 stóp (33 m) i zapory Glines Canyon o wysokości 210 stóp (64 m) rozpoczęło się we wrześniu 2011 roku. Dwa urządzenia do uzdatniania wody w dolnym biegu rzeki zostały ukończone na początku 2010 roku w celu ochrony dostaw wody dla miasta Port Angeles i wylęgarni ryb przed mułem i osadami, które zostaną zmyte w dół rzeki po usunięciu zapór. W celu ochrony zasobów ryb poniżej zapór podczas ich usuwania, zapory były usuwane w ciągu trzech lat, z przerwami, aby upewnić się, że w rzece nie będzie mułu podczas tarła łososi w dół rzeki.
Zapora Elwha została całkowicie zdemontowana w marcu 2012 roku. Następnie teren wokół tamy został odbudowany, w tym dziesiątki tysięcy rodzimych roślin, które pojawiły się w lokalnych szklarniach. Usuwanie tamy Glines Canyon zakończono w sierpniu 2014 roku.
Łosoś naturalnie skolonizuje 70 mil (110 km) siedliska w Olympic National Park. Obszar, który kiedyś znajdował się pod zbiornikami, jest rekultywowany, aby zapobiec erozji i przyspieszyć ekologiczną odbudowę tego obszaru. Ponieważ prawie cały dział wodny Elwhy znajduje się w parku narodowym, rzeka powinna stać się stosunkowo dziewicza, z niewielką ilością problemów związanych ze spływami rolniczymi i podgrzewaniem wody, które wpływają na inne siedliska rzek łososiowych na północnym zachodzie Pacyfiku. Modelowe prognozy Służby Parku pokazują, że do 392.000 ryb wypełni 70 mil siedliska, teoretycznie odpowiadając „szczytowi sprzed zapory”.
Do końca grudnia 2012 roku, około 10 procent z szacowanych 25.000.000 jardów sześciennych (19.000.000 m3) osadów, które zostały złapane za dwiema zaporami na rzece, zebrało się przy ujściu Elwhy, tworząc piaszczyste łachy. Po usunięciu tamy Elwha, osady zostały zepchnięte w dół rzeki, ponieważ obfite opady deszczu spowodowały szybsze przepływy w swobodnie płynącej rzece. Do listopada 2014 roku, 30 procent zmagazynowanych osadów zostało przeniesionych do ujścia rzeki, tworząc 70 akrów (28 hektarów) nowego siedliska estuarium dla szerokiej gamy skorupiaków i innych gatunków.
Niższa Elwha (poniżej byłego zbiornika Aldwell) jest oceniana jako klasa II.