Piętnasta w łańcuchu, Misja San Juan Bautista została założona przez Ojca Lasuén 24 czerwca 1797 roku; w dniu święta Jana Chrzciciela, patrona misji.
Tak jak misja została zachowana, tak samo zachowało się urocze miasto, w którym stoi. Wzorowane na hiszpańskim miasteczku, około trzydziestu historycznych budynków zajmuje obszar otaczający misję, oferując odwiedzającym wgląd w to, jak wyglądało życie w czasach misji. Misja znajduje się na Plaza San Juan Bautista. Hotel Plaza, pochodzący z 1814 roku, służył jako koszary misji. Dom Zenneta, lub Plaza Hall, pochodzi z 1868 roku. Stajnia Plaza została zbudowana w 1874 roku, aby służyć jako przystanek dla podróżnych.
Misja San Juan Bautista znajduje się w niefortunnym położeniu uskoku San Andreas. Potężne trzęsienie ziemi z 1906 roku zrujnowało zewnętrzne ściany kościoła i inne budynki.
Nieopodal misji znajduje się dziewicza część słynnej El Camino Real, czyli Kings Highway. Tuż za murem cmentarza znajduje się znak wskazujący kierunek, w którym biegła droga, łącząca dwadzieścia jeden misji, w sumie sześćset pięćdziesiąt mil, od San Diego do San Rafael.
San Juan Bautista szczyci się jedynym trójnawowym kościołem wśród wszystkich misji. Łuki, które oddzielają centrum od naw bocznych, zostały zniszczone podczas trzęsienia ziemi w 1812 roku. Ojcowie wypełnili wówczas dwie nawy boczne. Jednak renowacja kościoła w 1975 r. pozwoliła na ponowne otwarcie naw bocznych, przywracając kościołowi jego pierwotny, trójnawowy wygląd.
Większość kościoła pozostaje taka sama jak w 1812 r., z głównym ołtarzem reredos i bultos w większości nieodrestaurowanymi. Zwróć uwagę na płytki podłogowe w kościele, a zobaczysz odciski zwierząt, które zostały wykonane, gdy płytki były pozostawione na zewnątrz do wyschnięcia na słońcu. W kościele znajduje się również największa i najbardziej kompletna kolekcja obrazów apostolskich w łańcuchu misyjnym.