Rodziny zmieniają się stopniowo z pokolenia na pokolenie, ale w miarę upływu pokoleń różnice w liniach rodzinnych stają się coraz wyraźniejsze. Różnice te rozwijają się w następujący sposób. Ogólne funkcjonowanie życiowe jednostki jest ściśle związane z jej poziomem dojrzałości emocjonalnej lub zróżnicowania. Ludzie wybierają partnerów małżeńskich, którzy mają ten sam poziom dojrzałości emocjonalnej. Niedojrzałość emocjonalna przejawia się w nierealistycznych potrzebach i oczekiwaniach. Konkurujące ze sobą potrzeby i oczekiwania wśród członków rodziny, spotęgowane przez nieuniknione stresy życiowe, generują niepokój. Systemy rodzinne działają tak, że lęk zostaje zepchnięty na pewne części systemu i przez nie „wchłonięty”; na przykład rodzice mogą odgrywać lęk w konflikcie małżeńskim, jedno z rodziców może wchłonąć lęk i stać się podatne na emocjonalne, fizyczne lub społeczne dysfunkcje, albo rodzice mogą skupić swój lęk na dzieciach. W skupieniu na dziecku, jedno dziecko często dziedziczy więcej niedojrzałości lub słabości rodziców, a inne dziecko może odziedziczyć więcej ich mocnych stron. Ponieważ dzieci wybierają partnerów o podobnej dojrzałości, w miarę jak procesy powtarzają się przez pokolenia, dojrzałe i stabilne funkcjonowanie buduje się w niektórych liniach rodzinnych, a niedojrzałe i niestabilne funkcjonowanie buduje się w innych.
Procesem rodzinnym rządzi system emocjonalny ukształtowany przez długą linię gatunków, która doprowadziła do ewolucji Homos sapiens. Człowiek posiada również system intelektualny, który umożliwia pewien obiektywizm w zakresie funkcjonowania emocjonalnego. Uczucia są subiektywnym doświadczeniem niektórych aspektów funkcjonowania systemu emocjonalnego. Zdolność do rozróżniania myśli i uczuć oraz do działania w oparciu o myślenie, gdy jest to ważne, koreluje z indywidualnym „poziomem” zróżnicowania. Terapia jest procesem zwiększania zróżnicowania lub zdolności do równoważenia automatycznej reaktywności i subiektywności z rzeczowym spojrzeniem na siebie i innych.” (Michael Kerr, M.D., 1997)
Celem terapii Bowena jest zrozumienie i zastosowanie zasad i koncepcji teorii Bowena w celu opracowania bardziej efektywnych opcji zmniejszenia chronicznego niepokoju, zwiększenia bardziej efektywnych umiejętności zarządzania sobą w relacji z ważnymi osobami oraz zwiększenia elastyczności i odporności na wyzwania życiowe.