Margaret urodziła się w 1046 roku i była członkiem starożytnej angielskiej rodziny królewskiej. Była bezpośrednim potomkiem króla Alfreda i wnuczką króla Anglii Edmunda Ironside’a poprzez jego syna Edwarda.
Margaret wraz z rodziną została wygnana na wschodni kontynent, gdy król Kanut i jego duńska armia najechali Anglię. Piękna i pobożna, była również inteligentna, otrzymując formalne wykształcenie na Węgrzech.
Margaret i jej rodzina powrócili do Anglii pod koniec panowania jej wuja, Edwarda Wyznawcy, ponieważ jej młodszy brat, Edgar Aetheling, miał bardzo silne roszczenia do angielskiego tronu. Angielska szlachta miała jednak inne pomysły i wybrała Harolda Godwina na następcę Edwarda.
Wszystkie te polityczne manewry okazały się nieistotne, gdy Wilhelm, książę Normandii, znany jako „Zdobywca”, przybył ze swoją armią pod Hastings w 1066 roku, ale to już inna historia.
Jako jedni z ostatnich saskich królów w Anglii, Małgorzata i jej rodzina znaleźli się w niepewnej sytuacji i obawiając się o swoje życie, uciekli na północ, w kierunku przeciwnym do nacierających Normanów. Zmierzali z Northumbrii z powrotem na kontynent, gdy ich statek zboczył z kursu i wylądowali w Fife.
Król Szkocji, Malcolm III, znany jako Malcolm Canmore (lub Wielka Głowa), zaoferował rodzinie królewskiej swoją ochronę.
Malcolm był szczególnie opiekuńczy wobec Małgorzaty! Początkowo odrzuciła ona jego propozycje małżeństwa, preferując, według jednej z relacji, życie w pobożności jako dziewica. Malcolm był jednak wytrwałym królem i w końcu para pobrała się w Dunfermline w 1069 r.
Jego związek był wyjątkowo szczęśliwy i owocny zarówno dla nich samych, jak i dla narodu szkockiego. Małgorzata wniosła na szkocki dwór niektóre z najdrobniejszych elementów obecnych europejskich manier, ceremonii i kultury, co bardzo poprawiło jego cywilizowaną reputację.
Królowa Małgorzata słynęła z dobrego wpływu na swego męża, a także z pobożności i przestrzegania zasad religijnych. Była głównym inicjatorem reformy Kościoła w Szkocji.
Pod przewodnictwem królowej Małgorzaty rady kościelne promowały komunię wielkanocną i, ku radości klasy robotniczej, powstrzymanie się od prac służebnych w niedzielę. Małgorzata zakładała kościoły, klasztory i schroniska dla pielgrzymów, a wraz z mnichami z Canterbury założyła królewskie mauzoleum w opactwie Dunfermline. Szczególnie upodobała sobie szkockich świętych i zainicjowała budowę promu królowej przez Forth, aby pielgrzymi mogli łatwiej dotrzeć do sanktuarium św. Andrzeja.
Msza została zmieniona z wielu dialektów gaelickiego, którymi posługiwano się w Szkocji, na jednoczącą łacinę. Poprzez przyjęcie łaciny do odprawiania Mszy św. wierzyła, że wszyscy Szkoci będą mogli czcić razem w jedności, wraz z innymi chrześcijanami Europy Zachodniej. Wiele osób uważa, że celem królowej Małgorzaty było nie tylko zjednoczenie Szkotów, ale także obu narodów – Szkocji i Anglii – w dążeniu do zakończenia krwawych wojen między tymi krajami.
W ustalaniu programu dla kościoła w Szkocji królowa Małgorzata zapewniła także dominację kościoła rzymskiego nad rodzimym kościołem celtyckim na północy kraju.
Margaret i Malcolm mieli ośmioro dzieci, wszystkie o angielskich imionach. Aleksander i Dawid podążyli za ojcem na tron, podczas gdy ich córka, Edyta (która zmieniła imię na Matylda po ślubie), wniosła starożytną anglosaską i szkocką królewską linię krwi w żyły normańskich najeźdźców Anglii, kiedy wyszła za mąż i urodziła dzieci królowi Henrykowi I.
Margaret była bardzo pobożna i szczególnie dbała o biednych i sieroty. To właśnie ta pobożność spowodowała, że powtarzające się posty i wstrzemięźliwość spowodowały znaczny uszczerbek na jej zdrowiu. W 1093 r., gdy po długiej chorobie leżała na łożu śmierci, dowiedziała się, że jej mąż i najstarszy syn wpadli w zasadzkę i zostali zdradziecko zabici w bitwie pod Alnwick w Northumbia. Zmarła wkrótce potem w wieku zaledwie czterdziestu siedmiu lat.
Została pochowana obok Malcolma w opactwie Dunfermline, a doniesienia o cudach, które miały miejsce w jej grobie i wokół niego, przyczyniły się do jej kanonizacji w 1250 r. przez papieża Innocentego IV.
Podczas reformacji głowa św. Małgorzaty przeszła w jakiś sposób w posiadanie Marii Królowej Szkotów, a później została zabezpieczona przez jezuitów w Douai, gdzie, jak się uważa, zginęła podczas rewolucji francuskiej.
Święto św. Małgorzaty było dawniej obchodzone przez Kościół rzymskokatolicki 10 czerwca, ale obecnie jest obchodzone co roku w rocznicę jej śmierci, 16 listopada.
