Port Jefferson Harbor, am Südufer des Long Island Sound östlich von Old Field Point, wird durch einen ausgebaggerten Kanal, der zwischen zwei Stegen, die in Ruinen zu einem Anlegebereich in der Nähe des südwestlichen Ende des Hafens führt eingegeben; die Stege sind jeweils durch ein Licht markiert. Die Einfahrt ist durch eine beleuchtete Pfeifboje markiert, etwa 1,1 Meilen nordwestlich der Einfahrt. Drei Schornsteine auf der Westseite in der Nähe des Kopfes des Hafens sind auffällige Landmarken. Im Haupteinfahrtskanal gilt eine Geschwindigkeitsbegrenzung von 12 mph und am Kopf des Hafens in der Nähe der Anlegeplätze und Kais eine Geschwindigkeitsbegrenzung von 5 mph.
Am Kopf des Hafens gibt es Einrichtungen für Kleinboote. Am Kopf des Hafens befindet sich eine Startrampe.
Setauket Harbor verfügt über Benzin, Liegeplätze und eine begrenzte Anzahl von Bootszubehör in der Bootswerft; ein Tieflader kann Boote bis zu einer Länge von 32 Fuß herausziehen.
Die Zufahrt zum Port Jefferson Harbor ist frei, wenn man darauf achtet, die Mount Misery Shoal mit einer Tiefe von 7 bis 12 Fuß zu meiden, die sich etwa 0,8 Meilen nord-nordöstlich der östlichen Anlegestelle befindet.
Ein Bundesprojekt sieht einen 26 Fuß tiefen Kanal vom Long Island Sound zum südlichen Ende des Port Jefferson Harbor vor. Der Kanal ist durch beleuchtete und unbeleuchtete Bojen und einen beleuchteten Bereich von 146° markiert. Im Jahr 1982 wurde berichtet, dass es aufgrund der Nähe der Entfernungslichter schwierig sein kann, festzustellen, wann sie auf einer Linie sind. Außerdem wurde berichtet, dass der Bereich durch Schiffe, die an der Ölwerft auf der Westseite des Hafens festgemacht sind, verdeckt werden kann.
Beiderseits des Kanals von der Einfahrt nach Port Jefferson bis zur beleuchteten Glockentonne 5 innerhalb der Einfahrt befinden sich Schwälle mit geringer Tiefe. Der Grund von der Ostmole bis zur beleuchteten Glockenboje ist gebrochen, mit Untiefen von 4 bis 11 Fuß. Die beleuchtete Glockentonne kann bei Ebbe von kleinen Schiffen, die sich dem Hafen nähern, nicht über den Wellenbrecher gesehen werden.
Port Jefferson Harbor wird durch einen ausgebaggerten Kanal betreten, der zwischen zwei Stegen, die in Trümmern liegen, zu einem Anlegeplatz nahe dem südwestlichen Ende des Hafens führt; die Stege sind jeweils durch ein Licht gekennzeichnet. Die Einfahrt ist durch eine beleuchtete Pfeifboje markiert, etwa 1,1 Meilen nordwestlich der Einfahrt. Zwei Schornsteine auf der Westseite in der Nähe des Kopfes des Hafens sind auffällige Landmarken.
Eine 121°-301° gemessene nautische Meile befindet sich westlich der Einfahrt zum Port Jefferson Harbor am Old Field Beach. Die vorderen Markierungen sind orangefarbene Pfosten mit einer Höhe von ca. 8 Fuß; die hinteren Markierungen sind Rechtecke auf Beinen mit einer Höhe von ca. 12 Fuß, die rot gestrichen sind und in der Mitte einen 6-Zoll-schwarzen vertikalen Streifen aufweisen.
Setauket Harbor, auf der westlichen Seite von Port Jefferson Harbor, hat einen schmalen, krummen Kanal. Im Jahr 1981 war eine gemeldete Tiefe von etwa 2½ Fuß im Kanal zur Bootswerft in Setauket vorhanden. Die Einfahrt von Port Jefferson ist durch private saisonale Bojen gekennzeichnet.