Familien verändern sich allmählich von einer Generation zur nächsten, aber im Laufe der Generationen werden die Unterschiede in den Familienlinien immer deutlicher. Die Unterschiede entwickeln sich wie folgt. Das allgemeine Funktionieren eines Individuums im Leben ist eng mit seinem Grad an emotionaler Reife oder Differenzierung verbunden. Menschen wählen Ehepartner aus, die den gleichen Grad an emotionaler Reife haben. Emotionale Unreife äußert sich in unrealistischen Bedürfnissen und Erwartungen. Konkurrierende Bedürfnisse und Erwartungen unter den Familienmitgliedern, die durch die unvermeidlichen Belastungen des Lebens noch verstärkt werden, erzeugen Ängste. Familiensysteme funktionieren so, dass die Angst auf bestimmte Teile des Systems abgeschoben und von ihnen „absorbiert“ wird; zum Beispiel können die Eltern die Angst in einem Ehekonflikt ausleben, ein Elternteil kann die Angst absorbieren und anfällig für emotionale, körperliche oder soziale Funktionsstörungen werden, oder die Eltern können ihre Ängste auf ihre Kinder fokussieren. Bei der Fokussierung auf die Kinder erbt das eine Kind oft mehr von den Unmündigkeiten oder Schwächen der Eltern und das andere Kind kann mehr von deren Stärken erben. Da die Kinder Partner mit gleicher Reife wählen, bilden sich bei der Wiederholung der Prozesse durch die Generationen reife und stabile Funktionen in einigen Familienlinien und unreife und instabile Funktionen in anderen.
Der Familienprozess wird durch ein emotionales System bestimmt, das durch die lange Linie der Arten geprägt ist, die zur Evolution des Homos sapiens führte. Der Mensch verfügt auch über ein intellektuelles System, das eine gewisse Objektivität über das emotionale Funktionieren ermöglicht. Gefühle sind die subjektive Erfahrung einiger Aspekte der Funktion des emotionalen Systems. Die Fähigkeit, Gedanken und Gefühle zu unterscheiden und nach dem Denken zu handeln, wenn dies wichtig ist, korreliert mit dem „Niveau“ der Differenzierung eines Individuums. Therapie ist ein Prozess der Steigerung der eigenen Differenzierung oder der Fähigkeit, automatische Reaktivität und Subjektivität mit einer sachlichen Sicht auf sich selbst und andere auszugleichen.“ (Michael Kerr, M.D., 1997)
Das Ziel der Bowen-Therapie ist es, die Prinzipien und Konzepte der Bowen-Theorie zu verstehen und anzuwenden, um effektivere Möglichkeiten zu entwickeln, um chronische Ängste abzubauen, effektivere Fähigkeiten zum Selbstmanagement in Beziehung zu wichtigen anderen zu entwickeln und die Flexibilität und Belastbarkeit zu erhöhen, um den Herausforderungen des Lebens zu begegnen.