Winters hat in zwei der Law & Order Fernsehserien mitgespielt: Law & Order: Special Victims Unit, wo er in der ersten Staffel ein Stammgast war, und als Gaststar in der Law & Order: Criminal Intent“-Episode „Purgatory“. Er hatte auch einen Auftritt in Staffel 2 der Fernsehserie Sex and the City als John McFadden. Mehr als zehn Jahre nach seinem letzten Auftritt bei SVU spielte er erneut Detective Brian Cassidy im Finale der 13. Staffel „Rhodium Nights“, wurde in der 14. Staffel zu einer wiederkehrenden Figur und in der 15. Er hatte auch Gastauftritte in „Homicide“: Life on the Street, Sex and the City, Third Watch, NYPD Blue, CSI: Miami und als Dennis Duffy in 30 Rock sowie in einer Nebenrolle in Rescue Me.
Er spielte 1999 in der romantischen Komödie Undercover Angel mit Yasmine Bleeth und 2002 in dem Direct-to-Video-Horrorfilm Hellraiser: Hellseeker. Er spielte Tom in PS, I Love You. Winters spielte den Vater von Detective Sam Tyler in der US-Version von Life On Mars. Er spielte auch Charley Dixon, Sarah Connors Liebesinteresse, in Terminator: The Sarah Connor Chronicles.
Winters trat als Stand-up-Comedian bei Catch a Rising Star, The Comic Strip und im Comedy Cellar an der Seite von bekannten Komikern wie Jerry Seinfeld, Paul Reiser und Chris Rock auf. Ein HBO-Comedy-Special führte ihn zu seiner Rolle in dem von HBO produzierten Gefängnisdrama OZ.
Winters wurde für den ABC-Dramapiloten Happy Town von den Machern von October Road gecastet, wurde aber nach den Dreharbeiten des Piloten durch Steven Weber ersetzt.
Am 20. Juni 2010 wurde Winters als „Mayhem“ eingeführt, eine wiederkehrende Figur in einer neuen Fernseh- und Radiowerbekampagne für die Allstate-Versicherung, die von der Werbeagentur Leo Burnett Chicago erstellt wurde.
Er spielte auch Avi in John Wick. Winters spielte eine Co-Hauptrolle in einer Staffel der CBS-Network-Cop-Drama-Serie Battle Creek, in der er einen Kleinstadt-Polizeidetektiv gegenüber Josh Duhamel, dem der Stadt zugewiesenen FBI-Agenten, spielte. Die Serie wurde im Mai 2015 gecancelt. Zuletzt wiederholte er seine Rolle in Brooklyn Nine-Nine als The Vulture und hatte eine Nebenrolle als Scheidungsanwalt in der HBO-Serie Divorce. Im Jahr 2018 wurde er als Mr. Town in der zweiten Staffel von Starz American Gods gecastet.
Im Juni 2009 zog sich Winters eine bakterielle Infektion zu und kollabierte bei der Ankunft in seiner Arztpraxis. Während er in einem Krankenwagen durch den Central Park transportiert wurde, erlitt er einen Herzstillstand, der über zwei Minuten anhielt. Die Sanitäter konnten ihn wiederbeleben und er wurde drei Wochen lang auf der Intensivstation behandelt. Im Laufe des nächsten Jahres entwickelte er Wundbrand, der die Amputation von zwei Zehen und der Hälfte eines Daumens sowie zehn weitere Operationen einschließlich einer Hauttransplantation erforderlich machte. Winters war bis 2010 von der Schauspielerei weg, als Tina Fey ihn zurück zu 30 Rock holte und er mit der Arbeit an der Mayhem-Fernsehwerbung begann. Im Jahr 2019 spielte Fey zusammen mit Winters in einer Reihe von Mayhem-Werbespots mit.