Wenige Figuren waren während der Jahre der protestantischen Reformation so resistent gegen eine Kategorisierung wie Desiderius Erasmus. Er war ein entschiedener Kritiker kirchlicher Missstände, ein Verfechter des Humanismus und ein prominenter Vertreter der Bibelkritik, die von den Protestanten zitiert und von den Katholiken bekämpft wurde, doch er selbst blieb katholisch und distanzierte sich im Laufe der Jahre von der protestantischen Theologie. Seine Herkunft selbst war so etwas wie ein Rätsel. Er wurde entweder 1466 oder 1467 in Gouda oder Rotterdman geboren und war der uneheliche Sohn eines Priesters und einer Arzttochter. Bis 1485 war er ein Waisenkind und seine Vormünder überredeten ihn schließlich, den Augustiner-Chorherren beizutreten. Er wurde 1492 geweiht. Später kritisierte er den Druck, dem Kloster beizutreten und argumentierte, dass angehende Mönche bis zum Alter von sechsunddreißig Jahren warten sollten, bevor sie aufgenommen werden. Erasmus war zuvor in Deventer bei den Brüdern vom gemeinsamen Leben erzogen worden, die für ihre sehr persönlichen Andachtspraktiken bekannt waren, wie sie in Thomas à Kempis‘ Nachahmung Christi zu finden sind. Er erhielt auch eine Ausbildung in humanistischen Briefen, die zu einer Position als lateinischer Sekretär von Hendrik van Bergen, dem Bischof von Cambrai, führte.
Erasmus nahm erst nach seiner späteren Ausbildung in Paris und seinem Kontakt mit Humanisten in England seinen Weg zu intellektueller Prominenz. Von 1495 bis 1499 studierte er Theologie an der Universität Paris. Aufgrund seiner spärlichen wirtschaftlichen Mittel wohnte der junge Student im Collège de Montaigu, einem Wohnheim für arme Studenten. Die Kombination aus den Lebensbedingungen und seiner Auseinandersetzung mit der scholastischen Theologie hinterließ einen negativen Eindruck vom Zentrum der mittelalterlichen Universitäten und dem Zustand der spätmittelalterlichen Theologie. Während seiner Zeit in Paris nahm er zunächst den lateinischen Namen Desiderius an, als Ausdruck seines Humanismus. Schließlich verließ er Paris ohne einen Abschluss und reiste nach England, wo er mehreren humanistischen Denkern begegnete, die einen bedeutenden Einfluss auf ihn ausübten. Unter ihnen waren der spätere Märtyrer Thomas More, Autor des politischen Traktats Utopia, und der Bibelforscher John Colet, der Erasmus die Notwendigkeit einprägte, selbst biblische Studien aufzunehmen. In England stieß er zum ersten Mal auf Lorenza Vallas Annotationes, ein Manuskript der Textkritik, das Erasmus bei der Abfassung seiner späteren kritischen Ausgabe des Neuen Testaments 1516 helfen sollte. Er entwarf auch den frühesten Ausdruck seines berühmten Begriffs der philosophia Christi („Philosophie Christi“) in dem 1503 erschienenen Handbuch für das geistliche Leben, Enchiridion Militis Christiani („Handbuch des christlichen Soldaten“). Diese Idee thematisierte die christliche Spiritualität als moralische Nachahmung ihres Vorbildes, Christus.
Nach seinem Weggang aus England verbrachte er mehrere Jahre in Italien. 1506 wurde er in Turin zum Doktor der Theologie promoviert, obwohl er dort nie studiert hatte. Außerdem arbeitete er als Redakteur für eine Druckerei in Venedig, die sein eigenes Stipendium finanzierte. Nachdem der frühreife Gelehrte Heinrich VIII. den englischen Thron bestiegen hatte, kehrte Erasmus dorthin zurück, in der Hoffnung auf eine Stelle am Hof. Stattdessen nahm er einen Lehrauftrag in Cambridge an und verfasste, während er im Haus von Thomas More wohnte, sein einflussreiches Moriae Encomium („Lob der Torheit“). Dort entwickelte er seinen Begriff der philosophia Christi weiter, nur dass er ihn nun gezielt zur Kritik an vermeintlichen Missständen in der Kirche als Anstoß für Reformen einsetzte. Der Traktat wurde 1511 fertiggestellt und 1514 mit wesentlichen Änderungen neu aufgelegt. Erasmus‘ Zeit in England erfüllte nicht seine Erwartungen an eine höhere Versorgung in Kirche oder Staat, vor allem aber fehlten ihm ausreichende finanzielle Mittel, um zu bleiben.
Im Jahr 1514 erhielt Erasmus eine Pfründe am Kanonikat von Cournai in Burgund, was ihn zur Rückkehr aufs Festland und zur Fortsetzung seiner Studien veranlasste. Die Pfründe wurde 1517 durch einen Dispens von Papst Leo X. formell bestätigt, der Erasmus sowohl von seinen Mönchsgelübden, die ihm das Leben außerhalb einer klösterlichen Gemeinschaft untersagten, als auch von den Beschränkungen für die Annahme einer Pfründe, die sich aus seiner unehelichen Geburt ergaben, befreite. Bereits 1515 hatte er jedoch eine wichtige Position als Berater des burgundischen Königs, des sechzehnjährigen Karl von Spanien, übernommen, der 1519 Kaiser werden und während der Jahre der protestantischen Reformation über einen Großteil Europas herrschen sollte. Die neue Position erforderte seinen Umzug nach Löwen in Belgien, damit er näher am Hof in Brüssel sein konnte, und führte auch zu einem Platz an der theologischen Fakultät von Löwen, wo sein fortschrittliches Studium der Heiligen Schrift und seine humanistische Haltung gegenüber der scholastischen Theologie viel Reibung mit den anderen Meistern verursachte. Aus dieser Zeit stammen einige der einflussreichsten Schriften des Erasmus. Er veröffentlichte 1516 seine kritische Ausgabe des Neuen Testaments, die den griechischen Text zusammen mit seiner revidierten lateinischen Übersetzung der Vulgata des Hieronymus enthielt. Im selben Jahr verfasste er ein Traktat, das seine humanistischen Ansichten zur Erziehung zusammenfasste, Institutio Principis Christiani („Erziehung eines christlichen Fürsten“), das er dem jungen Prinzen Karl widmete. Darauf folgte 1518 eine Übersetzung der griechischen Grammatik von Theodore Gaza ins Lateinische, womit er vielen humanistischen Studenten ein Lehrbuch für die Einführung des Griechischen zur Verfügung stellte. Seine am weitesten verbreitete Schrift aus dieser Zeit, die Colloquia („Dialoge“), war ein humanistisch geprägter Dialog über zahlreiche kontroverse Themen, der 1519 in Druck ging.
Erasmus blieb bis 1521 in Löwen. Zu dieser Zeit hatte sich der von Martin Luther entfachte Ablassstreit zu einer tiefgreifenden Reform innerhalb Deutschlands und zu einem politisch spaltenden Faktor in der europäischen Hofpolitik ausgeweitet. Die ersten protestantischen Reformatoren wandten sich an Erasmus sowohl als Autorität als auch zur Unterstützung ihrer Sache, was sogar zu einem Treffen zwischen ihm und Friedrich dem Weisen, Kurfürst von Sachsen und Luthers Beschützer, führte. Der Niederländer grenzte sich schnell von den Reformatoren ab und zog, um seine Unabhängigkeit zu bewahren, in die unabhängige Schweizer Stadt Basel, wo er in einem von einem wohlhabenden Drucker zur Verfügung gestellten Haus wohnte. Dort blieb er bis 1529. Sein Einfluss auf die protestantische Reformation hielt an, vor allem in Form eines Kreises von Humanisten, der sich in Basel um ihn scharte und zu dem auch die späteren calvinistischen Reformatoren Johannes Oecolampadius und Wolfgang Capito gehörten. Trotz der Versuche, sich von den Protestanten zu distanzieren, waren seine Schriften dennoch Gegenstand von Kontroversen. Die Pariser theologische Fakultät leitete 1523 eine Untersuchung seiner Werke ein und schloss 1531 mit einer Verurteilung ihres Inhalts. Auch eine Sonderkonferenz der spanischen Inquisition widmete sich 1527 seinen Werken, doch die Humanisten am dortigen Hof hielten sich mit einem Urteil zurück. Erasmus publizierte weiterhin in Basel, am bekanntesten ist seine Abhandlung über die christliche Erziehung, De Pueris Instituendis („Über die Unterweisung eines Kindes“) von 1529, die wiederum seine humanistischen Werte auf dem Gebiet der Erziehung widerspiegelt.
Die berühmte Testamentsdebatte zwischen Erasmus und Luther erreichte auch den Druck während der Basler Jahre. Erasmus war es, der 1524 die erste Salve mit seiner Schrift De Libero Arbitrio („Über den freien Willen“) abfeuerte, in der er versuchte, sich von Luther abzugrenzen, indem er seinen eigenen augustinischen Charakter gegenüber der Übertreibung des Wittenberger Theologen betonte. Luther antwortete in gleicher Weise mit seiner höchst polemischen Schrift De Servo Arbitrio („Über den gebundenen Willen“) von 1525, einer vernichtenden Widerlegung, die die pelagianischen Tendenzen in Erasmus‘ Lehre von Natur und Gnade aufdeckte. Erasmus entgegnete mit einem Werk, das in zwei Teilen veröffentlicht wurde. Die Hyperaspistes von 1526, eilig geschrieben nach Erhalt von Luthers Bromide, befasste sich hauptsächlich mit der Vorrede zu De Servo Arbitrio und der Frage der Bibelauslegung. Der zweite Teil, Hyperaspistes II, ging im folgenden Jahr in Druck und behandelte die Frage des freien Willens und versuchte, Augustins extremere deterministische und prädestinistische Ansichten zu modifizieren. Zu diesem Zeitpunkt hatte Luther die Kontroverse bereits hinter sich gelassen und Erasmus‘ Antwort wurde wenig beachtet.
Die Neutralität Basels gegenüber der religiösen Spaltung änderte sich 1529, als die Stadt protestantisch wurde. Während seiner Zeit in Basel hatte Erasmus zahlreiche Angebote in anderen Städten, darunter Wien, Ingolstadt, Zürich und Spanien, abgelehnt, um seine Unabhängigkeit von der reformatorischen Kontroverse zu wahren. Nach Basel blieb ihm nichts anderes übrig, als ins katholische Freiburg zu emigrieren, unter die Obhut von Ferdinand, dem damaligen Erzherzog von Österreich und späteren Kaiser, dessen älterer Bruder Karl einst Erasmus‘ Gönner in Burgund war. Der Rest seines Lebens verlief ereignislos, bevor er 1536 in Basel auf dem Rückweg in die Niederlande starb. Seine umstrittenen Schriften blieben auch während der späteren Gegenreformation umstritten. Einige wurden 1555 auf den Index der verbotenen Schriften gesetzt und viele andere galten mit bestimmten Argumenten als anstößig. Seine Popularität blieb jedoch unter Protestanten und später reformorientierten Katholiken im siebzehnten Jahrhundert erhalten, was zur Veröffentlichung seiner gesammelten Werke zwischen 1703 und 1706 in zehn Bänden führte.