Neue Beweise wurden gefunden, die einen anderen Offizier belasteten, aber er wurde von einem Kriegsgericht freigesprochen. Dennoch durfte Dreyfus 1899 nach Frankreich zurückkehren, um seinen Fall vor dem Obersten Gerichtshof vorzutragen. Das Gericht berief ein neues Kriegsgericht ein, und Dreyfus wurde erneut für schuldig befunden. Der Aufschrei unter seinen Anhängern war so groß, dass Präsident Émile Loubet ihn einige Tage später begnadigte.
Aber ein großer Teil der öffentlichen Meinung hielt ihn immer noch für schuldig. Als er 1902 an Zolas Beerdigung teilnahm, wurde er bei einem Attentatsversuch verwundet. Schließlich ordnete 1903 eine neue linksgerichtete Regierung an, dass der Oberste Gerichtshof die Ergebnisse des Kriegsgerichts von 1899 überprüfen sollte. Im Jahr 1906 wurde Dreyfus schließlich rehabilitiert.
Es ist offensichtlich einfacher, den hundertsten Jahrestag dieses Triumphes der Gerechtigkeit zu feiern, als frühere Jahrestage von weniger ermutigenden Momenten in der Affäre zu beleuchten. Im Jahr 1994, 100 Jahre nach der Anklage von Dreyfus, stellte ein Historiker der französischen Armee die Unschuld von Dreyfus in Frage und bezeichnete sie als „die These“, die heute von Historikern allgemein akzeptiert wird. Und 1999, zum hundertsten Jahrestag des zweiten Kriegsgerichts, war von der Armee kein mea culpa zu hören.
Ein Novum in der Ausstellung im Museum für Kunst und Geschichte des Judentums, die noch bis zum 1. Oktober zu sehen ist, ist die Betonung von Dreyfus selbst. Oft als teilnahmsloser Beobachter seiner eigenen Tragödie dargestellt, wird er hier als glühender Verfechter seiner Unschuld präsentiert.
Das ist auch die These einer neuen Biografie, „Alfred Dreyfus: Die Ehre eines Patrioten“, von Vincent Duclert, einem französischen Historiker, der die Ausstellung zusammen mit Anne Hélène Hoog, einer Kuratorin des Museums, organisiert hat.
Weiterhin hat Herr Duclert in einem mutigen Versuch, die Dreyfus-Affäre zu beenden, vorgeschlagen, Dreyfus‘ sterbliche Überreste neben denen von Zola im Panthéon, der letzten Ruhestätte der französischen republikanischen Helden, beizusetzen. Jede Entscheidung müsste von Präsident Jacques Chirac getroffen werden, der Berichten zufolge stattdessen beschlossen hat, am Jahrestag nächsten Mittwoch eine besondere Zeremonie in der École Militaire zu leiten.
Der Enkel von Dreyfus, Jean-Louis Lévy, ist jedenfalls der Meinung, dass die Zeit noch nicht reif für eine Überführung der Gebeine ist.