Elwha Dam mit Lake Aldwell dahinter. Das Krafthaus ist in der Mitte zu sehen.
Der Fluss ist der Ort des größten Staudammbeseitigungsprojekts der Geschichte. Das Elwha Ecosystem Restoration Projekt ist das zweitgrößte Projekt zur Wiederherstellung des Ökosystems, das der National Park Service nach den Everglades in Angriff genommen hat. Der Elwha River Ecosystem and Fisheries Restoration Act of 1992 wurde vom ersten Präsidenten Bush unterzeichnet, nachdem er vom Kongress verabschiedet worden war. Die Kosten für das Projekt wurden mit 350 Millionen Dollar veranschlagt. Das Gesetz ermächtigte den Innenminister, die beiden Dämme am Fluss zu erwerben und zu entfernen sowie das Ökosystem und die einheimische anadrome Fischerei wiederherzustellen.
Die Entfernung des 33 m (108 Fuß) hohen Elwha-Damms und des 64 m (210 Fuß) hohen Glines-Canyon-Damms begann im September 2011. Zwei flussabwärts gelegene Wasseraufbereitungsanlagen wurden Anfang 2010 fertiggestellt, um die Wasserversorgung der Stadt Port Angeles und der Fischbrutstätten vor Schlick und Sedimenten zu schützen, die nach der Entfernung der Dämme flussabwärts gespült würden. Um die Fischbestände unterhalb der Dämme während des Abbaus zu schützen, wurden die Dämme in einem dreijährigen Prozess entfernt, wobei Pausen eingelegt wurden, um sicherzustellen, dass sich kein Schlamm im Fluss befindet, während die Lachse flussabwärts laichten.
Der Elwha-Damm wurde im März 2012 vollständig abgebaut. Es folgte die Wiederherstellung des Gebiets um den Damm, einschließlich zehntausender einheimischer Pflanzen, die in lokalen Gewächshäusern angepflanzt wurden. Die Entfernung des Glines Canyon Damms wurde im August 2014 abgeschlossen.
Der Lachs wird den 70 Meilen (110 km) langen Lebensraum im Olympic National Park auf natürliche Weise wiederbesiedeln. Das Gebiet, das einst unter den Stauseen lag, wird begrünt, um Erosion zu verhindern und die ökologische Wiederherstellung des Gebiets zu beschleunigen. Da sich fast das gesamte Wassereinzugsgebiet des Elwha in einem Nationalpark befindet, sollte der Fluss relativ unberührt sein, mit wenigen Problemen durch landwirtschaftliche Abflüsse und Wassererwärmung, die andere Lachsflüsse im pazifischen Nordwesten beeinträchtigen. Modellprognosen des Park Service zeigen, dass bis zu 392.000 Fische 70 Meilen Lebensraum füllen werden, was theoretisch dem „Spitzenwert vor dem Damm“ entspricht.
Bis Ende Dezember 2012 hatten sich etwa 10 Prozent der geschätzten 25.000.000 Kubikmeter (19.000.000 m3) Sediment, die hinter den beiden Dämmen des Flusses aufgefangen wurden, an der Mündung des Elwha gesammelt und Sandbänke gebildet. Nachdem der Elwha-Damm entfernt worden war, wurde das Sediment flussabwärts geschoben, da starke Regenfälle schnellere Strömungen im frei fließenden Fluss erzeugten. Bis November 2014 waren 30 Prozent des gespeicherten Sediments zur Mündung des Flusses transportiert worden, wodurch 28 Hektar neuer Lebensraum im Mündungsgebiet für eine Vielzahl von Schalentieren und anderen Arten entstanden.
Der untere Elwha (unterhalb des ehemaligen Aldwell Reservoirs) ist als Klasse II eingestuft.