Im Jahr 1912 startete Roy E. Farmer ein kleines Unternehmen, das in Los Angeles, Kalifornien, Kaffeebohnen röstete und von Tür zu Tür verkaufte. Nach einem Jahrzehnt des Erfolgs gründete Farmer 1923 eine Aktiengesellschaft und erweiterte gleichzeitig den Umfang des Unternehmens um den Verkauf von Kaffeezubehör, was durch den Erwerb der Western Urn Manufacturing gekennzeichnet war. Als das Unternehmen wuchs, eröffnete es Filialen in ganz Kalifornien und etablierte schnell eine beachtliche Präsenz im sich entwickelnden San Francisco. Ab den 1930er Jahren diversifizierte Farmer Brothers den Verkauf und Vertrieb nicht nur von Kaffeebohnen und -geräten, sondern auch von einer breiteren Auswahl an Artikeln für die Gastronomie.
Als Roy E. Farmer 1951 im Alter von 59 Jahren starb, übernahm sein Sohn Roy F. Farmer die Leitung des Unternehmens. Der Übergang erwies sich für das Unternehmen als schwierig, da der jüngere Farmer gezwungen war, das Unternehmen 1952 an die Börse zu bringen. Als Roy F. sich eingelebt hatte, konnte er die Produktionseffizienz stark verbessern und die Gewinnmargen erhöhen. In den folgenden Jahren der Amtszeit von Roy F. Farmer als Chairman, CEO und Präsident erreichte das Unternehmen 1998 einen Spitzenumsatz von 240 Millionen US-Dollar. Zu diesem Zeitpunkt hatte das Unternehmen fast 100 Filialen in 29 Staaten im Westen der USA. Zu dieser Zeit wurde das Unternehmen jedoch von Unruhen der Aktionäre heimgesucht; die Aktionäre forderten eine größere Transparenz der Unternehmensabläufe und der Marktstrategie, wollten, dass die Führungskräfte mit den Analysten der Wall Street zusammenarbeiten, und wollten, dass unabhängige Direktoren in den Vorstand aufgenommen werden. Trotzdem blieb das Unternehmen ziemlich privat und für die Öffentlichkeit geschlossen. Als Roy F. Farmer nach mehr als 50 Jahren an der Spitze des Unternehmens starb (er war 87 Jahre alt), war noch kein Nachfolger benannt worden.
In den Jahren nach Farmers Tod fungierte Günter Berger als Vorstandsvorsitzender und Roy E. Farmer verließ das Unternehmen zeitweise. Einige Zeit später wurde Roger M. Laverty III zum CEO und Präsidenten ernannt und während seiner Zeit als Chief Executive erwarb Farmer Brothers Coffee Bean International und das Direct Store Delivery Kaffeegeschäft von Sara Lee. Die spätere Akquisition wurde für einen Betrag von 45 Millionen Dollar getätigt. Er war bis April 2011 im Amt. Zu diesem Zeitpunkt wurden Jeffrey Wahba (Schatzmeister und CFO) und Patrick Criteser (Präsident und CEO von Coffee Bean International) vom Vorstand als Co-CEOs auf Interimsbasis ernannt.
Im März 2012 ernannte das Unternehmen einen neuen CEO und Präsidenten, Michael Keown. Keown kam von WhiteWave Foods, einer Tochtergesellschaft der Dean Foods Company, zu dem Unternehmen. Am 15. April 2013 ernannte Farmer Bros. dann Mark Nelson zum neuen CFO.
Am 28. April 2015 gab Farmer Brothers bekannt, dass das Unternehmen seinen Hauptsitz von Torrance nach Northlake, Texas, verlegen wird, um jährlich etwa 12 bis 15 Millionen US-Dollar einzusparen. President und CEO Mike Keown sagte: „Wir werden unseren Firmensitz in eine hochmoderne Anlage in zentraler Lage zu unserem landesweiten Kundenstamm verlegen und zusätzliche Produktionskapazitäten schaffen, um zukünftiges Wachstum zu unterstützen.“ Der neue Hauptsitz in Northlake soll 2016 eröffnet werden und 300 neue Arbeitsplätze bringen und damit zum größten Arbeitgeber in Northlake werden.
Im Jahr 2016 hat Farmer Brothers Boyd’s Coffee übernommen.