Winters est apparu dans deux des séries télévisées de Law & Order : Law & Order : Special Victims Unit, où il était régulier dans la première saison, et en tant que guest star dans l’épisode de Law & Order : Criminal Intent épisode « Purgatory ». Il a également fait une apparition dans la saison 2 de la série télévisée Sex and the City dans le rôle de John McFadden. Plus de dix ans après sa dernière apparition dans SVU, il a de nouveau incarné le détective Brian Cassidy dans le final de la 13e saison « Rhodium Nights », est devenu un personnage récurrent dans la 14e saison et, dans la 15e saison, est également devenu l’intérêt amoureux du capitaine Olivia Benson. Il a également fait des apparitions dans Homicide : Life on the Street, Sex and the City, Third Watch, NYPD Blue, CSI : Miami et en tant que Dennis Duffy dans 30 Rock ainsi qu’en ayant précédemment un rôle d’accompagnement dans Rescue Me.
Il a joué dans la comédie romantique Undercover Angel de 1999 avec Yasmine Bleeth et dans le film d’horreur direct-to-vidéo Hellraiser de 2002 : Hellseeker. Il a joué le rôle de Tom dans PS, I Love You. Winters a joué le père du détective Sam Tyler dans la version américaine de Life On Mars. Il a également joué Charley Dixon, l’intérêt amoureux de Sarah Connor, dans Terminator : The Sarah Connor Chronicles.
Winters a joué de la comédie stand-up à Catch a Rising Star, The Comic Strip, et le Comedy Cellar aux côtés de comiques notables Jerry Seinfeld, Paul Reiser, et Chris Rock. Un spécial comédie de HBO l’a conduit au rôle qu’il a tenu dans OZ, le drame carcéral produit par HBO.
Winters a été distribué dans le pilote dramatique d’ABC Happy Town, des créateurs d’October Road, mais a été remplacé par Steven Weber après le tournage du pilote.
Le 20 juin 2010, Winters a été présenté comme « Mayhem », un personnage récurrent dans une nouvelle campagne publicitaire télévisée et radiophonique pour Allstate Insurance créée par l’agence de publicité Leo Burnett Chicago.
Il a également joué Avi dans John Wick. Winters a partagé l’affiche d’une saison de la série dramatique policière Battle Creek de la chaîne CBS, jouant le rôle d’un inspecteur des forces de police d’une petite ville face à Josh Duhamel, l’agent résident du FBI affecté à la ville. La série a été annulée en mai 2015. Plus récemment, il a repris son rôle dans Brooklyn Nine-Nine dans le rôle du Vautour et a eu un rôle secondaire en tant qu’avocat spécialisé dans les divorces dans la série Divorce de HBO. En 2018, il a obtenu le rôle de Mr Town dans la deuxième saison de Starz American Gods.
En juin 2009, Winters a contracté une infection bactérienne et s’est effondré à son arrivée au cabinet de son médecin. Alors qu’il était transporté à travers Central Park dans une ambulance, il a fait un arrêt cardiaque pendant plus de deux minutes. Les ambulanciers ont réussi à le ranimer et il a été hospitalisé en soins intensifs pendant trois semaines. Au cours de l’année suivante, il a développé une gangrène, nécessitant l’amputation de deux orteils et de la moitié d’un pouce, et dix opérations ultérieures, dont une greffe de peau. Winters a été éloigné du métier d’acteur jusqu’en 2010, lorsque Tina Fey l’a ramené à 30 Rock, et qu’il a commencé à travailler sur la campagne de publicité télévisée Mayhem. En 2019, Fey a rejoint Winters dans une série de publicités Mayhem.