En 1912, Roy E. Farmer a lancé une petite entreprise de torréfaction de grains de café et de vente en porte-à-porte à Los Angeles, en Californie. Après une décennie de succès, Farmer s’est constitué en société en 1923 tout en élargissant simultanément le champ d’action de l’entreprise à la vente d’équipements pour le café, marquée par l’acquisition de Western Urn Manufacturing. Au fur et à mesure que l’entreprise se développe, elle commence à ouvrir des succursales dans toute la Californie, établissant rapidement une présence notable dans le développement de San Francisco. À partir des années 1930, Farmer Brothers s’est diversifié pour inclure la vente et la distribution non seulement de grains de café et d’équipements, mais aussi d’une sélection plus large d’articles de soutien aux services alimentaires.
Lorsque Roy E. Farmer est décédé en 1951 à l’âge de 59 ans, son fils, Roy F. Farmer a pris le contrôle de l’entreprise. La transition s’est avérée difficile pour l’entreprise, car le plus jeune Farmer a été contraint d’introduire l’entreprise en bourse en 1952. En s’installant, Roy F. a pu améliorer considérablement l’efficacité de la production et augmenter les marges bénéficiaires. Au cours des années suivantes du mandat de Roy F. Farmer en tant que président du conseil d’administration, PDG et président, l’entreprise a atteint un sommet de 240 millions de dollars de ventes en 1998. À cette époque, l’entreprise compte près de 100 succursales dans 29 États de l’ouest des États-Unis. À la même époque, cependant, l’entreprise s’embourbe dans l’agitation des actionnaires, qui exigent une plus grande transparence des opérations et de la stratégie de marché de l’entreprise, souhaitent que les dirigeants travaillent avec les analystes de Wall Street et veulent que des administrateurs indépendants soient ajoutés au conseil d’administration. Malgré cela, la société est restée assez privée et fermée au public. Au moment du décès de Roy F. Farmer après plus de 50 ans à la tête de l’entreprise (il avait 87 ans), aucun successeur n’avait été nommé.
Dans les années qui ont suivi le décès de Farmer, Guenter Berger a occupé le poste de directeur général et Roy E. Farmer a quitté l’entreprise pendant un certain temps. Quelque temps plus tard, Roger M. Laverty III a été nommé PDG et président et, pendant son mandat de directeur général, Farmer Brothers a acquis Coffee Bean International et l’activité café de Direct Store Delivery de Sara Lee. Cette dernière acquisition a été réalisée pour un montant de 45 millions de dollars. Il est resté en poste jusqu’en avril 2011. À ce moment-là, Jeffrey Wahba (trésorier et directeur financier) et Patrick Criteser (président et PDG de Coffee Bean International) ont été nommés par le conseil d’administration en tant que codirecteurs généraux à titre intérimaire.
En mars 2012, la société a nommé un nouveau PDG et président, Michael Keown. Keown est arrivé dans l’entreprise en provenance de WhiteWave Foods, une filiale de Dean Foods Company. Puis, le 15 avril 2013, Farmer Bros a nommé Mark Nelson comme nouveau directeur financier.
Le 28 avril 2015, Farmer Brothers a annoncé qu’elle allait déménager son siège social de Torrance à Northlake, au Texas, pour économiser environ 12 à 15 millions de dollars par an. Le président et chef de la direction, Mike Keown, a déclaré : « Nous allons transférer le siège de notre entreprise dans des installations ultramodernes, dans un endroit central pour notre clientèle nationale, et fournir une capacité de fabrication supplémentaire pour soutenir la croissance future. » Le nouveau siège social de Northlake devrait ouvrir en 2016 et apportera 300 nouveaux emplois, devenant ainsi le plus grand employeur de Northlake.
En 2016, Farmer Brothers a acquis Boyd’s Coffee.