Le musée a été fondé en 1991 sous le nom de Children’s Museum of Snohomish County, dans le cadre d’une initiative à l’échelle du comté visant à établir des lieux destinés aux enfants dans le comté de Snohomish par la commission des enfants du gouvernement du comté. Le musée a ouvert ses portes en 1993 dans un magasin de la ville voisine de Marysville, mais a été contraint de déménager dans un espace temporaire du centre-ville d’Everett en 1995. Le gouvernement du comté prévoyait d’installer le musée de façon permanente dans le parc McCollum à Mill Creek, mais les plans sont tombés à l’eau à la fin des années 1990, ce qui a conduit à un don de la famille Schack pour financer un musée permanent dans le centre-ville d’Everett.
Le nouveau musée de 4,75 millions de dollars, une ancienne succursale de la Everett Mutual Bank de 20 000 pieds carrés (1 900 m2) d’espace, a ouvert le 17 octobre 2004 et a été rebaptisé le Imagine Children’s Museum. Au cours de sa première année sur le site agrandi, le musée a déclaré une fréquentation de 146 000 personnes, soit plus du quadruple de sa fréquentation annuelle sur ses sites temporaires.
En 2020, le musée a annoncé des plans pour une expansion sur quatre étages qui ajouterait 47 000 pieds carrés (4 400 m2) dans le parking sud. Le projet d’expansion, qui coûterait 25 millions de dollars, devrait ouvrir en 2022 et inclure des expositions sur les habitats forestiers, une scène de théâtre de marionnettes et une grue de construction en plein air.
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