Les Saltdogs ont été formés lorsque les Madison Black Wolf ont été vendus et déplacés à Lincoln après la saison 2000. L’équipe a été membre de la Northern League de 2001 à 2005. Après la saison 2005, les Saltdogs (ainsi que les Saints de Saint-Paul, les Explorers de Sioux City et les Canaries de Sioux Falls) ont quitté la Northern League pour former l’American Association.
Les Saltdogs ont remporté leur premier titre de ligue en 2009, en gagnant le championnat de l’American Association. Leur bilan global en saison régulière était de 49-47, mais Lincoln a fait 27-21 pour remporter le titre de la seconde moitié de la division Nord et s’est qualifié pour le championnat en battant le champion de la première moitié de la division Nord, les Wichita Wingnuts, dans la série de division, trois parties contre deux. Les Saltdogs ont ensuite remporté le titre en battant les Pelicans de Pensacola, champions de la division Sud, trois parties à deux, la cinquième partie étant décidée par un score de 2-1 au Pelican Park de Pensacola.
Lincoln a célébré son 10e anniversaire en 2010, et l’équipe a obtenu sa quatrième participation aux séries éliminatoires au cours des cinq saisons précédentes. Les Saltdogs ont terminé avec un bilan global de 51-45, la septième fois en dix ans que Lincoln a atteint le plateau des 50 victoires, et la neuvième fois en dix saisons que l’équipe a terminé au-dessus de la marque .500. Bien que les Saltdogs n’aient pas remporté de titre de division en 2010, leur bilan global était tout de même assez bon pour leur permettre de se qualifier pour la post-saison grâce à une place de wild card. Lincoln a obtenu quatre places de wild-card en séries éliminatoires dans son histoire, les trois premières (2001, 2002 et 2005) ayant eu lieu à l’époque où l’équipe évoluait dans la Northern League.
Les Saltdogs ont participé aux séries éliminatoires lors de chacune de leurs deux premières années dans l’American Association. En 2006 et 2007, ils ont terminé avec le meilleur bilan global de la ligue en saison régulière, remportant trois des quatre titres de la division Nord (à la fois le titre de la première moitié et de la deuxième moitié en 2006, et le titre de la première moitié en 2007). Leur série de 14 victoires consécutives en 2007 est la plus longue de l’histoire de l’équipe. Les Saltdogs ont eu le meilleur bilan global (272-204) de toute équipe au cours des cinq premières années de l’American Association.
Kash Beauchamp a été le premier gérant de l’histoire des Saltdogs, bien que son mandat n’ait duré que 42 matchs de la saison 2001, au cours de laquelle l’équipe a fait 21-21 (.500). Le lanceur Les Lancaster a remplacé Beauchamp et a permis à Lincoln de se qualifier pour les séries éliminatoires en 2001 et 2002. Lancaster a occupé le poste de manager des joueurs pendant les dix premiers jours de son mandat de manager avant de passer exclusivement sur le banc. Il a mené l’équipe à une fiche de saison régulière de 86-53 (.619) et une fiche d’après-saison de 6-7. Après la saison 2002, Lancaster a quitté l’équipe et a été remplacé par Tim Johnson, ancien manager des Blue Jays de Toronto. Johnson a passé six saisons avec les Saltdogs, compilant une fiche de 314-252 (.555) en saison régulière et une fiche de 2-9 en post-saison. Lincoln a participé aux séries éliminatoires à trois reprises sous la direction de Johnson (2005, 2006 et 2007) et a remporté trois championnats de division (titres de la première moitié et de la deuxième moitié de la division Nord de l’American Association en 2006, titre de la première moitié de la division Nord en 2007). Johnson a démissionné de son poste de manager à la fin de la saison 2008, et a été remplacé par Marty Scott, qui avait dirigé les Zephyrs de la Nouvelle-Orléans en Triple-A pendant la saison 2008. Scott a remporté deux championnats entre 1995 et 2000 en tant que manager des St. Paul Saints et a mené Lincoln au championnat 2009, son quatrième en tant que manager. En deux saisons à Lincoln, Scott a compilé une fiche de 100-92 (.521) en saison régulière et une fiche de 6-7 en post-saison.
En 2020, la ligue a annoncé que les Saltdogs n’ont pas été sélectionnés comme l’une des six équipes à participer à une saison condensée en raison de la pandémie de COVID-19. Ils se mettront en hiatus pour la saison, et prévoient de revenir en 2021.
.