Dixième de la chaîne, la mission San Juan Bautista a été fondée par le père Lasuén le 24 juin 1797 ; le jour de la fête de Jean-Baptiste, saint patron de la mission.
Tout comme la mission a été préservée, la charmante ville dans laquelle elle se trouve l’a été aussi. Sur le modèle d’une ville espagnole, une trentaine de bâtiments historiques occupent les alentours de la mission, offrant aux visiteurs un aperçu de ce qu’était la vie à l’époque de la mission. La mission se trouve sur la Plaza San Juan Bautista. L’hôtel Plaza, qui date de 1814, servait de caserne à la mission. La maison Zenneta, ou salle de la Plaza, date de 1868. L’écurie Plaza a été construite en 1874 pour servir d’étape aux voyageurs.
La mission San Juan Bautista a la malchance de se trouver sur la faille de San Andreas. Le puissant tremblement de terre de 1906 a ruiné les murs extérieurs de l’église et d’autres bâtiments.
Près de la mission se trouve une section intacte du célèbre El Camino Real, ou Kings Highway. Situé juste au-delà du mur du cimetière, un marqueur indique la direction prise par la route, reliant les vingt et une missions, six cent cinquante miles au total, de San Diego à San Rafael.
San Juan Bautista s’enorgueillit de la seule église à trois nefs parmi toutes les missions. Les arches, qui séparent le centre des nefs latérales, ont été détruites lors du tremblement de terre de 1812. Les pères ont alors comblé les deux nefs latérales. Cependant, la restauration de l’église en 1975 a permis de rouvrir les nefs latérales, rendant à l’église sa conception originale à trois nefs.
Une grande partie de l’église reste telle qu’elle était en 1812, avec le retable de l’autel principal et les bultos largement non restaurés. Portez une attention particulière aux carreaux de sol de l’église et vous remarquerez des empreintes d’animaux qui ont été faites pendant que les carreaux étaient laissés dehors pour sécher au soleil. L’église accueille également la plus grande et la plus complète collection de peintures d’apostolat de la chaîne de la mission.