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Die japanischen Ergebnisse für die medizinische Behandlung der körperlichen Gesundheit auf hohem Niveau sind im Allgemeinen wettbewerbsfähig mit denen in den USA. Ein Vergleich zweier Berichte im New England Journal of Medicine von MacDonald et al. (2001) und Sakuramoto et al. (2007) legt nahe, dass die Ergebnisse bei Magen-Speiseröhrenkrebs in Japan besser sind als in den USA, und zwar sowohl bei Patienten, die mit einer alleinigen Operation behandelt werden, als auch bei solchen, die eine Operation gefolgt von einer Chemotherapie erhalten. Japan übertrifft bei den Fünf-Jahres-Überlebensraten von Dickdarmkrebs, Lungenkrebs, Bauchspeicheldrüsenkrebs und Leberkrebs, basierend auf dem Vergleich eines Berichts der American Association of Oncology und eines weiteren Berichts der Japan Foundation for the Promotion of Cancer research. Derselbe Vergleich zeigt, dass die USA bei der Fünf-Jahres-Überlebensrate von Rektumkarzinom, Brustkrebs, Prostatakrebs und malignen Lymphomen führend sind. Die chirurgischen Ergebnisse sind in Japan bei den meisten Krebsarten tendenziell besser, während die Gesamtüberlebenszeit in den USA aufgrund des aggressiveren Einsatzes von Chemotherapie bei Krebserkrankungen im Spätstadium tendenziell länger ist. Ein Vergleich der Daten aus dem United States Renal Data System (USRDS) 2009 und der Japan Renology Society 2009 zeigt, dass die jährliche Sterblichkeit von Patienten, die sich einer Dialyse unterziehen, in Japan bei 13 % liegt, verglichen mit 22,4 % in den USA. Die Fünf-Jahres-Überlebensrate von Patienten unter Dialyse liegt bei 59,9 % in Japan und 38 % in den USA.
In einem Artikel mit dem Titel „Does Japanese Coronary Artery Bypass Grafting Qualify as a Global Leader?“ weist Masami Ochi von der Nippon Medical School darauf hin, dass die japanischen Koronar-Bypass-Operationen die anderer Länder in mehreren Kriterien übertreffen. Laut der International Association of Heart and Lung Transplantation liegt die Fünf-Jahres-Überlebensrate von Herztransplantationsempfängern auf der ganzen Welt, die zwischen 1992 und 2009 transplantiert wurden, bei 71,9 % (ISHLT 2011.6), während die Fünf-Jahres-Überlebensrate von japanischen Herztransplantationsempfängern laut einem Bericht der Universität Osaka 96,2 % beträgt. Aufgrund eines Mangels an Spendern wurden jedoch bis 2011 nur 120 Herztransplantationen im Inland durchgeführt.
Im Gegensatz zur physischen Gesundheitsversorgung ist die Qualität der psychischen Gesundheitsversorgung in Japan im Vergleich zu den meisten anderen entwickelten Ländern relativ niedrig. Trotz Reformen setzen Japans psychiatrische Kliniken weiterhin weitgehend auf veraltete Methoden der Patientenkontrolle, wobei die Raten von Zwangsmedikation, Isolation (Einzelhaft) und körperlicher Fixierung (Anbinden von Patienten an Betten) deutlich höher sind als in anderen Ländern. Bei gefesselten Patienten in Japan wurden hohe Raten von tiefen Venenthrombosen festgestellt, die zu Behinderungen und Tod führen können. Anstatt den Einsatz von Fixierungen zu reduzieren, wie es in vielen anderen Ländern der Fall ist, verdoppelte sich die Häufigkeit des Einsatzes medizinischer Fixierungen in japanischen Krankenhäusern in den fast zehn Jahren von 2003 (5.109 fixierte Patienten) bis 2014 (10.682).
Die 47 lokalen Regierungspräfekturen haben eine gewisse Verantwortung für die Überwachung der Qualität der Gesundheitsversorgung, aber es gibt keine systematische Sammlung von Behandlungs- oder Ergebnisdaten. Sie beaufsichtigen jährliche Krankenhausinspektionen. Der Japan Council for Quality Health Care akkreditiert etwa 25% der Krankenhäuser. Ein Problem mit der Qualität der japanischen medizinischen Versorgung ist die mangelnde Transparenz, wenn medizinische Fehler auftreten. Im Jahr 2015 wurde in Japan ein Gesetz eingeführt, das Krankenhäuser verpflichtet, bei unerwarteten Todesfällen eine Überprüfung der Patientenversorgung durchzuführen und die Berichte den Angehörigen und einer dritten Organisation zur Verfügung zu stellen. Es liegt jedoch im Ermessen des Krankenhauses zu entscheiden, ob der Tod unerwartet war. Weder Patienten noch deren Angehörige dürfen Überprüfungen beantragen, was das System ineffektiv macht. Unterdessen zögern japanische Gesundheitsdienstleister, offene Informationen zur Verfügung zu stellen, weil japanische Medizinjournalisten dazu neigen, zu beschönigen, zu sensationslüstern und in einigen Fällen antimedizinische Kritiken zu fabrizieren, ohne dass die medizinischen Dienstleister die falschen Behauptungen korrigieren können, wenn sie einmal aufgestellt wurden. Die im Vergleich zu anderen Nationen höhere Zahl der Krankenhausbesuche pro Kopf und das allgemein gute Gesamtergebnis lassen jedoch vermuten, dass die Rate an unerwünschten medizinischen Ereignissen nicht höher ist als in anderen Ländern.
Es ist wichtig, dass Patienten effizient an den richtigen medizinischen Ort geschickt werden, da es ein Problem der Unterbesetzung gibt. Etwa 92 % der Krankenhäuser in Japan haben eine unzureichende Anzahl von Ärzten, während sie über ausreichend Krankenschwestern verfügen. Während nur 10 % der Krankenhäuser eine ausreichende Anzahl von Ärzten und eine unzureichende Anzahl von Krankenschwestern haben.