Die traditionelle Therapie einer H. pylori-Infektion besteht aus einer 10-tägigen bis 2-wöchigen Einnahme von einem oder zwei wirksamen Antibiotika, wie Amoxicillin, Tetracyclin (nicht für Kinder <12 J.), Metronidazol oder Clarithromycin, plus entweder Ranitidin, Wismutcitrat, Wismutsubsalicylat oder ein Protonenpumpenhemmer. Die Unterdrückung der Säure durch den H2-Blocker oder den Protonenpumpenhemmer in Verbindung mit den Antibiotika hilft, ulkusbedingte Symptome (d. h. Bauchschmerzen, Übelkeit) zu lindern, hilft bei der Heilung von Magenschleimhautentzündungen und kann die Wirksamkeit der Antibiotika gegen H. pylori an der Magenschleimhautoberfläche verbessern. Derzeit sind acht H. pylori-Behandlungsschemata von der Food and Drug Administration (FDA) zugelassen (Tabelle 1); es wurden jedoch auch mehrere andere Kombinationen erfolgreich eingesetzt. Antibiotikaresistenz und mangelnde Compliance der Patienten sind die beiden Hauptgründe für das Scheitern der Behandlung. Die Eradikationsraten der acht von der FDA zugelassenen Therapieschemata liegen zwischen 61 % und 94 %, je nach verwendetem Schema. Insgesamt haben Dreifach-Therapieschemata bessere Eradikationsraten gezeigt als die Zweifach-Therapie. Eine längere Behandlungsdauer (14 Tage versus 10 Tage) führt zu besseren Eradikationsraten.
Viele natürliche Heilmittel wurden ebenfalls vorgeschlagen und haben sich als wirksam erwiesen. So ergab eine japanische Studie im April 2009, dass Brokkoli ein wirksames Naturheilmittel gegen H. pylori ist. Es wird vermutet, dass die in Brokkolisprossen enthaltenen Sulforphanes antimikrobielle Eigenschaften haben. 1998 fand eine israelische Studie heraus, dass Zimtextrakte die Urease-Enzyme daran hindern, Reaktionen in H. pylori-Zellen zu katalysieren. Es gibt mehrere andere Substanzen, die angeboten wurden, um H. pylori entgegenzuwirken, einschließlich Kräuter wie Knoblauch und Ingwer, Öle wie Kokosnuss- und Oregano-Öl und Apfelessig.