Das Museum wurde 1991 als Children’s Museum of Snohomish County gegründet, als Teil einer landesweiten Initiative der Kinderkommission der Kreisregierung, um kinderorientierte Orte in Snohomish County zu schaffen. Es wurde 1993 in einem Ladenlokal im nahegelegenen Marysville eröffnet, musste aber 1995 in ein provisorisches Gebäude in der Innenstadt von Everett umziehen. Die Bezirksregierung plante, das Museum dauerhaft im McCollum Park in Mill Creek anzusiedeln, aber die Pläne scheiterten in den späten 1990er Jahren, was zu einer Spende der Familie Schack führte, um ein dauerhaftes Museum in der Innenstadt von Everett zu finanzieren.
Das neue, 4,75 Millionen Dollar teure Museum, eine ehemalige Filiale der Everett Mutual Bank mit einer Fläche von 1.900 Quadratmetern, wurde am 17. Oktober 2004 eröffnet und in Imagine Children’s Museum umbenannt. Im ersten Jahr am erweiterten Standort verzeichnete das Museum 146.000 Besucher, mehr als das Vierfache der jährlichen Besucherzahl an den temporären Standorten.
Im Jahr 2020 kündigte das Museum Pläne für eine vierstöckige Erweiterung an, die 4.400 m2 auf dem südlichen Parkplatz hinzufügen würde. Das Erweiterungsprojekt, das 25 Millionen Dollar kosten würde, soll 2022 eröffnet werden und Exponate zum Thema Lebensraum Wald, eine Puppentheaterbühne und einen Baukran im Freien beinhalten.