Rancho Boca de la Playa, concesso a Don Emigdio Vejar, fu il primo titolo fondiario emesso nella zona ora conosciuta come Capistrano Beach. Il terreno fu venduto a Juan Abila nel 1860, e poi acquistato da Marcus A Forster nel 1886. Forster vendette una striscia di terra alla San Bernardino and San Diego Railway. La ferrovia, in collaborazione con la California Central Railway, costruì una linea ferroviaria tra Los Angeles e San Diego, con una stazione a Capistrano. La stazione fu inizialmente chiamata San Juan by the Sea, ma nel 1910 fu cambiata in Serra, il nome del distretto scolastico appena formato.
Lo sviluppo di Capistrano Beach iniziò nel 1925 con case residenziali sulla scogliera. Il Capistrano Beach Club fu costruito lungo la riva del nuovo sviluppo. Nel 1929, la Petroleum Securities Company (di proprietà di Edward L. Doheny) divenne i nuovi proprietari dello sviluppo di Capistrano Beach. Nel 1931, dopo la morte del figlio di Doheny, egli donò oltre 40 acri (16 ettari) allo stato per la Doheny State Beach. Capistrano Beach divenne parte della città di Dana Point nel 1989.
Durante lo scavo del terreno durante lo sviluppo, nel 2016 furono scoperte le ossa di un mastodonte (o forse di un mammut).
Il molo di legno di 1.180 piedi (360 m) è popolare per passeggiare, visitare la città e pescare. Il molo fu gravemente danneggiato dalle onde nel 1964, dopo di che fu condannato e demolito nel 1965. Il Capistrano Beach Club divenne fatiscente e, alla fine degli anni ’60, fu smantellato.
Durante le tempeste del 2018, una passerella crollò e un campo da basket all’aperto fu gravemente danneggiato dopo essere stato minato dall’erosione causata dalle onde. La tempesta ha esposto vecchie auto messe lì decenni prima come parte di un muro di cinta ormai corroso. Altri massi sono stati collocati per proteggere il campo da basket che è stato danneggiato.