Il museo fu fondato nel 1991 come Children’s Museum of Snohomish County, come parte di un’iniziativa a livello di contea per stabilire luoghi orientati ai bambini nella contea di Snohomish da parte della Children’s Commission del governo della contea. Ha aperto nel 1993 in un negozio nella vicina Marysville, ma è stato costretto a trasferirsi in uno spazio temporaneo nel centro di Everett nel 1995. Il governo della contea progettò di collocare il museo in modo permanente al McCollum Park a Mill Creek, ma i piani caddero durante la fine degli anni ’90, portando ad una donazione della famiglia Schack per finanziare un museo permanente nel centro di Everett.
Il nuovo museo da 4,75 milioni di dollari, una ex filiale della Everett Mutual Bank con 20.000 piedi quadrati (1.900 m2) di spazio, ha aperto il 17 ottobre 2004, ed è stato rinominato Imagine Children’s Museum. Nel suo primo anno nella sede ampliata, il museo ha registrato un’affluenza di 146.000 persone, più del quadruplo dell’affluenza annuale nelle sue sedi temporanee.
Nel 2020, il museo ha annunciato piani per un’espansione di quattro piani che aggiungerebbe 47.000 piedi quadrati (4.400 m2) nel parcheggio meridionale. Il progetto di espansione, che costerebbe 25 milioni di dollari, dovrebbe aprire nel 2022 e includere mostre sugli habitat del bosco, un palco per il teatro delle marionette e una gru da costruzione all’aperto.