I Saltdogs furono formati quando i Madison Black Wolf furono venduti e trasferiti a Lincoln dopo la stagione 2000. La squadra fu membro della Northern League dal 2001 al 2005. Dopo la stagione 2005, i Saltdogs (insieme ai St. Paul Saints, Sioux City Explorers, e Sioux Falls Canaries) hanno lasciato la Northern League per formare l’American Association.
I Saltdogs hanno rivendicato il loro primo titolo di lega nel 2009, vincendo il campionato dell’American Association. Il loro record complessivo di regular-season è stato di 49-47, ma Lincoln è andato 27-21 per rivendicare il titolo della seconda metà della North Division e ha avanzato al campionato sconfiggendo il campione della prima metà della North Division Wichita Wingnuts nella serie di divisione, tre partite a due. I Saltdogs hanno poi rivendicato il titolo sconfiggendo i Pensacola Pelicans, campioni della South Division, tre partite a due, con la quinta partita decisa da un punteggio di 2-1 al Pelican Park di Pensacola.
Lincoln ha celebrato il suo decimo anniversario nel 2010 e la squadra si è assicurata il quarto posto nei playoff nelle cinque stagioni precedenti. I Saltdogs hanno finito con un record complessivo di 51-45, la settima volta in dieci anni Lincoln ha raggiunto il plateau di 50 vittorie, e la nona volta in dieci stagioni che la squadra ha finito sopra il segno .500. Anche se i Saltdogs non hanno vinto un titolo di divisione nel 2010, il loro record complessivo era ancora abbastanza buono per loro di qualificarsi per la postseason attraverso un berth di wild card. Lincoln ha guadagnato quattro wild-card playoff berths nella sua storia, con i primi tre (2001, 2002 e 2005) provenienti durante i giorni di Northern League della squadra.
I Saltdogs hanno fatto i playoffs in ciascuno dei loro primi due anni nella American Association. Sia nel 2006 che nel 2007, hanno finito con il miglior record complessivo di regular-season della lega, vincendo tre dei quattro titoli della North Division (sia il titolo della prima metà che della seconda metà nel 2006, e il titolo della prima metà nel 2007). La loro striscia vincente di 14 partite nel 2007 è la più lunga nella storia della squadra. I Saltdogs hanno avuto il miglior record complessivo (272-204) di qualsiasi squadra nei primi cinque anni dell’American Association.
Kash Beauchamp è stato il primo manager nella storia dei Saltdogs, anche se il suo incarico è durato solo 42 partite nella stagione 2001, durante la quale la squadra è andata 21-21 (.500). Il lanciatore Les Lancaster ha sostituito Beauchamp, guidando Lincoln agli ormeggi dei playoff sia nel 2001 che nel 2002. Lancaster servì come player-manager per i primi dieci giorni della sua gestione prima di passare esclusivamente alla panchina. Ha guidato la squadra ad un record di 86-53 (.619) nella stagione regolare e un record di 6-7 nella postseason. Dopo la stagione 2002, Lancaster partì e fu sostituito dall’ex manager dei Toronto Blue Jays Tim Johnson. Johnson ha trascorso sei stagioni con i Saltdogs, compilando un 314-252 (.555) record di regular-season e un record di 2-9 postseason. Lincoln ha fatto i playoff tre volte sotto Johnson (2005, 2006 e 2007) e ha vinto tre campionati di divisione (American Association 2006 titoli di prima metà e seconda metà della North Division, 2007 titolo di prima metà della North Division). Johnson si dimise da manager alla fine della stagione 2008, e fu sostituito da Marty Scott, che aveva gestito il Triple-A New Orleans Zephyrs durante la stagione 2008. Scott ha vinto due campionati tra il 1995 e il 2000 come manager dei St. Paul Saints e ha guidato Lincoln al campionato 2009, il suo quarto complessivo come manager. In due stagioni a Lincoln, Scott ha compilato un record di 100-92 (.521) in regular-season e un record di 6-7 in postseason.
Nel 2020, la lega ha annunciato che i Saltdogs non sono stati selezionati come una delle sei squadre per partecipare a una stagione condensata come risultato della pandemia COVID-19. Andranno in pausa per la stagione, con l’intenzione di tornare nel 2021.
