Quindicesima della catena, la missione San Juan Bautista fu fondata da padre Lasuén il 24 giugno 1797, il giorno della festa di Giovanni Battista, patrono della missione. Modellata come una città spagnola, una trentina di edifici storici occupano l’area che circonda la missione, offrendo ai visitatori uno sguardo su come era la vita durante l’epoca della missione. La missione si trova in Plaza San Juan Bautista. L’Hotel Plaza, che risale al 1814, serviva come caserma della missione. La Zenneta House, o Plaza Hall, risale al 1868. La Plaza Stable fu costruita nel 1874 per servire da sosta per i viaggiatori.
Mission San Juan Bautista è nella sfortunata posizione di trovarsi sulla faglia di San Andreas. Il potente terremoto del 1906 ha rovinato le mura esterne della chiesa e altri edifici.
Presso la missione si trova un tratto incontaminato del famoso El Camino Real, o Kings Highway. Appena oltre il muro del cimitero c’è un cartello che mostra la direzione della strada che collegava le ventuno missioni, seicentocinquanta miglia in totale, da San Diego a San Rafael.
San Juan Bautista vanta l’unica chiesa a tre navate tra tutte le missioni. Le arcate, che separano il centro dalle navate laterali, furono distrutte nel terremoto del 1812. I padri hanno allora riempito le due navate laterali. Tuttavia, il restauro della chiesa nel 1975 ha permesso di riaprire le navate laterali, riportando la chiesa al suo disegno originale a tre navate.
Molto della chiesa rimane come nel 1812, con l’altare principale e i bulti in gran parte non restaurati. Prestate attenzione alle piastrelle del pavimento della chiesa e noterete le impronte di animali che sono state fatte mentre le piastrelle venivano lasciate fuori ad asciugare al sole. La chiesa ospita anche la più grande e completa collezione di dipinti dell’apostolato nella catena di missioni.