このミュージアムは、郡政府の子ども委員会がスノホミッシュ郡に子ども向けの場所を設立するという郡全体の取り組みの一環として、1991年に「Children’s Museum of Snohomish County」として設立されました。 1993年に近くのメアリーズビルの店舗でオープンしましたが、1995年にはエバレットのダウンタウンの仮設スペースへの移転を余儀なくされました。
2004年10月17日にオープンした475万ドルの新しい博物館は、旧エバレット相互銀行の支店を改装したもので、広さは20,000平方フィート（1,900平方メートル）、名称は「イマジン・チルドレンズ・ミュージアム」となりました。
2020年には、南側の駐車場に47,000平方フィート（4,400平方メートル）を追加する4階建ての拡張計画を発表しました。 2500万ドルを投じたこの拡張プロジェクトは2022年のオープンを予定しており、森林の生息地に関する展示、人形劇のステージ、屋外の建設用クレーンなどが設置される予定です。
このようにして完成した博物館は、現在、世界で最も人気のある博物館の一つとなっています。