オーストラリアのフライングフォックスは、人間の健康に深刻なリスクをもたらす2つの感染症、オーストラリアコウモリリッサウイルスとヘンドラウイルス（ヘニパウイルス）を媒介することが知られています。 コウモリが媒介するこれらの病気は、クイーンズランド州特有のもので、西欧諸国のウイルスの中でも致命的なものです。 稀な病気ですが、これらの病気は医療関係者を悩ませ続けています。 これらのコウモリが媒介する病気は、ほとんどの場合、死に至ります。 これらのウイルスが人間に感染することは、幸いなことに非常に稀です。
ヘンドラウイルスは、主にメガバット（大型のフルーツコウモリ、または「オオコウモリ」）に感染するウイルスで、馬にも感染します。 エボラやマールブルグと同様に、ヘンドラは高い死亡率（50〜90％）を示す出血熱です。 エボラもマールブルグもメガバットが感染媒介者として関係しています。 馬はメガバットの体液や排泄物に汚染された食物や水を摂取することで、ヘンドラウイルスに感染すると考えられています。 このウイルスは人にも馬にも致命的な影響を与えます。
コウモリが媒介するヘンドラウイルスの生存者は3人しか知られていません。これまでのところ、ヘンドラウイルスに感染した人の半数以上が6週間以内に死亡していますが、クイーンズランド州のコウモリが媒介する第2の病気の生存者はいませんでした。 1994年、狂犬病ウイルスの近縁種であるリッサウイルスが、クイーンズランド州との境界に位置するニューサウスウェールズ州のバリナ付近で症状を示したオオコウモリから初めて発見された。 リッサウイルスには、これまでに3人が感染して死亡している。