ピロリ菌感染症の従来の治療法は、アモキシシリン、テトラサイクリン（小児<12歳以下には使用しない）、メトロニダゾール、クラリスロマイシンなどの有効な抗生物質を1～2種類、10日～2週間投与します。また、ラニチジン、クエン酸ビスマス、サブサリチル酸ビスマス、プロトンポンプ阻害剤のいずれかを併用する。 H2ブロッカーやプロトンポンプ阻害剤による酸の抑制と抗生物質の併用は、潰瘍に関連する症状（腹痛、吐き気など）を緩和し、胃粘膜の炎症を回復させ、胃粘膜表面のH. pyloriに対する抗生物質の効果を高めると考えられます。 現在、8種類のH.pylori治療レジメンが米国食品医薬品局（FDA）に承認されていますが（表1）、他にもいくつかの組み合わせが成功しています。 抗生物質耐性と患者のノンコンプライアンスが、治療失敗の2大理由である。 FDAが承認している8つのレジメンの根絶率は、使用するレジメンによって61％から94％の範囲である。 全体的に、3剤併用療法のレジメンは2剤併用療法よりも優れた根絶率を示している。
また、多くの自然療法が提案され、その有効性が示されています。 例えば、2009年4月に行われた日本の研究では、ブロッコリーがH.ピロリ菌の自然療法として有効であることがわかりました。 ブロッコリースプラウトに含まれるスルフォルファンには抗菌作用があると考えられています。 1998年にイスラエルで行われた研究では、シナモンの抽出物がピロリ菌の細胞内でウレアーゼ酵素が触媒反応を起こすのを阻害することがわかりました。 この他にも、ニンニクやショウガなどのハーブ類、ココナッツオイルやオレガノオイルなどのオイル類、リンゴ酢など、ピロリ菌対策として提供されている物質がいくつかあります
。