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日本の身体的健康に対する高度な医療行為の結果は、一般的に米国のそれと競合しています。 New England Journal of Medicineに掲載されたMacDonaldら(2001年)とSakuramotoら(2007年)の2つの報告を比較すると、胃食道がんの治療成績は、手術のみの場合も、手術後に化学療法を行った場合も、日本の方が米国よりも優れていることが示唆されている。 米国腫瘍学会の報告と日本がん研究振興財団の報告を比較すると、大腸がん、肺がん、膵臓がん、肝臓がんの5年生存率で日本が優れていることがわかります。 また、直腸がん、乳がん、前立腺がん、悪性リンパ腫の5年生存率は、米国が優れていることがわかりました。 ほとんどのがんで日本の方が手術成績が良い傾向にありますが、米国では末期がんで化学療法が積極的に行われているため、全生存期間が長くなる傾向にあります。 米国腎臓データシステム（USRDS）2009年版と日本腎臓学会2009年版のデータを比較すると、日本の透析患者の年間死亡率は13％であるのに対し、米国では22.4％となっています。
“Does Japanese Coronary Artery Bypass Grafting Qualify as a Global Leader? “と題された論文では、日本医科大学の越智正美教授が「日本の冠動脈バイパスグラフト手術は世界のリーダーとしての資格があるのか？ 日本医科大学の越智正美氏は、日本の冠動脈バイパス手術が複数の基準で他国の手術を上回っていると指摘しています。 国際心臓・肺移植協会によると、1992年から2009年までに心臓移植を受けた世界の心臓移植患者の5年生存率は71.9％（ISHLT 2011.6）であるのに対し、大阪大学の報告によると、日本の心臓移植患者の5年生存率は96.2％です。
身体的なヘルスケアとは対照的に、日本の精神的なヘルスケアの質は、他の多くの先進国に比べて相対的に低い。 改革にもかかわらず、日本の精神科病院では、古い方法で患者を管理しており、強制的な投薬、隔離（独居）、身体的拘束（ベッドに患者を縛る）の割合が他国に比べてはるかに高いのです。 日本では、拘束された患者さんに高いレベルの深部静脈血栓症が発見されており、障害や死亡につながる可能性があります。
47の地方自治体である都道府県は、医療の質を監督する責任を持っていますが、治療や結果のデータを組織的に収集することはできません。 都道府県は、毎年、病院の検査を監督しています。 日本医療機能評価機構は、約25％の病院を認定しています。 日本の医療の質に関する問題点の一つは、医療ミスが発生した際の透明性の低さです。 日本では2015年に、予期せぬ死亡事故が発生した場合、病院は患者のケアについてのレビューを行い、その報告書を近親者や第三者機関に提供することを義務付ける法律を導入しました。 ただし、予期せぬ死であったかどうかの判断は病院側に委ねられています。 また、患者や患者の家族がレビューを要求することもできないため、このシステムは効果的ではありません。 一方、日本の医療ジャーナリストは、反医療的な批判を誇張したり、センセーショナルに伝えたり、場合によっては捏造したりする傾向があり、いったん虚偽の主張がなされた場合、医療者がそれを訂正する手段がほとんどないため、日本の医療機関はオープンな情報提供に消極的である。
人手不足の問題もあるので、患者を適切な医療機関に効率的に送り込むことが重要です。 日本の約92％の病院では、看護師の数は足りているものの、医師の数が不足しています。 一方、医師の数は足りていても、看護師の数が足りていない病院は10％しかありません。