神経系の発達は、遺伝子プログラムと環境の両方に影響され、厳密に制御されたタイミングで行われます。 遺伝的プログラムと環境の両方の影響を受けています。人生の早い段階で正常な発達軌道から大きく逸脱すると、ニューロンの構造や結合性が欠損したり、異常になったりします。 発達の過程は時間的・空間的に複雑であるため、神経発達障害の原因となりうるものは数多くあり、時期や年齢によって神経系の異なる領域に影響を及ぼす可能性があります。 これらは、社会的剥奪、遺伝的・代謝的疾患、免疫疾患、感染症、栄養因子、身体的外傷、毒性・環境因子など多岐にわたります。
社会的剥奪
社会的・精神的ケアを受けられないと、脳や認知機能の発達が著しく遅れます。 ニコライ・チャウシェスク政権下のルーマニアの孤児院で育った子供たちの研究では、社会的剥奪と言語剥奪が発達中の脳に深刻な影響を与えることが明らかになっています。 これらの影響は時間に依存する。 怠慢な施設での生活が長ければ長いほど、その影響は大きくなります。
遺伝的障害
遺伝的に決定される神経発達障害の顕著な例として、ダウン症としても知られるトリソミー21があります。 この障害は通常、21番染色体が余分に存在することで起こりますが、まれに遺伝物質の転座など他の染色体異常が関係している場合もあります。
あまり知られていませんが、遺伝的に決定される神経発達障害には、フラジールX症候群があります。 脆弱性X症候群は、1943年にJ.P.マーティンとJ.ベルが、性差のある「精神的欠陥」の家族歴を持つ人を研究して初めて報告しました。 レット症候群は、同じくX連鎖性の疾患で、重度の機能制限を生じます。
免疫不全
妊娠中の免疫反応は、母体側と胎児側の両方で、神経発達障害を引き起こす可能性があります。 乳幼児の典型的な免疫反応としては、PANDAS（Pediatric Autoimmune Neuropsychiatric Disorders Associated with Streptococcal infection）があります。 また、身体の異常な動きが多く、精神的な後遺症が少ないシデナム舞踏病という病気もあります。 いずれも連鎖球菌の感染に伴う脳組織に対する免疫反応です。
感染症 Edit
システム感染は、人間の乳幼児期に発生した場合、神経発達に影響を与えることがありますが、一次神経発達障害とは呼ばれません。 例えば、HIV 脳膿瘍、髄膜炎、脳炎のような頭部や脳の感染症は、神経発達障害を引き起こし、最終的には障害となる危険性が高い。
HSV、CMV、風疹（先天性風疹症候群）、ジカウイルスなどのウイルスや、先天性梅毒の梅毒トレポネーマのような細菌は、治療しないと神経梅毒に進行する可能性がありますが、先天的に感染し、深刻な神経発達障害を引き起こす可能性があります。
統合失調症の中には、先天性感染症が関係していると思われるものもありますが、そのほとんどは原因不明です。 例えば、糖尿病（多因子性疾患）やフェニルケトン尿症（先天性代謝異常）などがあります。 このような遺伝性疾患の多くは、子供の代謝や神経の発達に直接影響を与えますが、妊娠中に間接的に影響を与えることはあまりありません。
子供の場合、1型糖尿病では、ブドウ糖の過不足による影響で神経発達に障害が生じます。
1型糖尿病では、ブドウ糖の過不足による神経発達障害が生じます。
糖尿病ではない胎児でも、母親の妊娠糖尿病が検出されない場合、ブドウ糖の影響を受けることがあります。
糖尿病でない胎児でも、妊娠糖尿病が検出されない場合には、ブドウ糖の影響を受けることがあります。
PKUとして知られるフェニルケトン尿症は、神経発達障害を誘発する可能性があり、PKUの子供は精神遅滞などの障害を防ぐために厳しい食事療法が必要です。 母性型のPKUでは、たとえ胎児が病気を受け継いでいなくても、母親のフェニルアラニンが過剰に胎児に吸収されることがあります。
NutritionEdit
栄養障害や栄養欠損は、二分脊椎やまれに発生する無脳症などの神経発達障害を引き起こすことがあります。これらはいずれも神経系とその支持構造の奇形や機能障害を伴う神経管欠損であり、重篤な身体的障害や精神的後遺症をもたらします。 神経管欠損症の最も一般的な栄養学的原因は、母親の葉酸欠乏であり、通常、果物、野菜、全粒穀物、乳製品に含まれるビタミンB群です。 また、神経管欠損症は、葉酸の代謝を阻害する薬剤やその他の環境要因によっても引き起こされるため、多因子性の原因と考えられています。 もう一つの欠乏症であるヨウ素欠乏症は、軽度の情緒障害から重度の精神遅滞まで、さまざまな神経発達障害を引き起こします。
母子ともに食事が不足すると障害を起こすことがあり、食品やサプリメントが大量に摂取されると毒性を示すことがあります。 例えば、1973年にシアトルにあるワシントン大学医学部のK.L.ジョーンズとD.W.スミスは、アルコール依存症の母親の子供に「頭蓋顔面、四肢、心血管の欠陥、出生前に発症した成長不全と発達遅延」のパターンを発見しました。 これは現在、胎児性アルコール症候群と呼ばれていますが、全く関係のないいくつかの神経発達障害と症状が大きく重なっています。 外傷性脳損傷
発達中のヒトの脳外傷は、一般的な原因である（米国だけでも年間400,
発達中の人間の脳外傷は、神経発達症候群の一般的な原因（米国だけでも年間400,000件以上の外傷がありますが、そのうちどのくらいが発達上の後遺症をもたらすかについては明確な情報がありません）です。 これは、先天性の傷害（合併症のない早産による傷害を含む）と、乳児期または小児期に発生する傷害の2つに大別されます。
PlacentaEdit
胎盤と脳の間に強い相関関係があるかどうかはまだはっきりしていませんが、胎盤と胎児の脳の発達を関連付ける研究が増えてきています
。