黄色ブドウ球菌による感染症は、医療現場では一般的で重要な臨床問題である。 現在、黄色ブドウ球菌のほとんどの株がペニシリンに耐性を示しており、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）は病院では一般的で、地域社会でも出現している。 重篤なメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（MSSA）の治療には、ペニシリナーゼ耐性ペニシリン系抗生物質（フルクロキサシリン、ジクロキサシリン）が引き続き選択されている。 しかし、第一世代のセファロスポリン（セファゾリン、セファロチン、セファレキシン）、クリンダマイシン、リンコマイシン、エリスロマイシンは、皮膚や軟部組織の感染症など、それほど重症ではないMSSA感染症や、ペニシリン過敏症の患者の治療に重要な役割を果たしている。 ただし、セファロスポリン系薬剤は、即時型ペニシリン過敏症（蕁麻疹、血管浮腫、気管支痙攣、アナフィラキシー）の患者には禁忌とされています。 すべての重篤なMRSA感染症は、バンコマイシンの非経口投与、または患者がバンコマイシンアレルギーの場合は、テイコプラニンで治療する必要があります。 院内感染のMRSA株は、典型的な多剤耐性株（mrMRSA）であり、mrMRSA株は常に2種類の経口抗菌薬（典型的にはリファンピシンとフシジン酸）の組み合わせで治療しなければならない。なぜなら、これらの抗菌薬を単剤で使用すると耐性が急速に発達するからである。 オーストラリアとニュージーランドの市中感染型MRSAのほとんどは非多剤耐性（nmMRSA）であり、皮膚や軟部組織の感染症など重症度の低いnmMRSA感染症にはリンコサミド系（クリンダマイシン、リンコマイシン）やコトリモキサゾールが選択されます。 リネゾリドやキヌプリスチン/ダルホプリスチンなどの新しい抗生物質は、優れた抗ブドウ球菌活性を持っていますが、非常に高価なため、従来の治療に失敗したり、耐えられない患者や、hVISA（heterogenous vancomycin-intermediate S aureus）などの高度な耐性株を持つ患者にのみ使用すべきです。