1912年、ロイ・E・ファーマーは、カリフォルニア州ロサンゼルスでコーヒー豆を焙煎して戸別訪問販売するという小さなビジネスを始めた。 10年間の成功の後、ファーマーは1923年に法人化し、同時にWestern Urn Manufacturing社を買収してコーヒー器具の販売を含む会社の範囲を拡大しました。 会社の成長に伴い、カリフォルニア州内に支店を開設し始め、発展途上のサンフランシスコで注目すべき存在となりました。
1951年、ロイ・E・ファーマーが59歳で亡くなると、息子のロイ・F・ファーマーが会社を引き継いだ。 1952年には株式公開を余儀なくされるなど、会社にとっては厳しい状況となった。 ロイ・F・ファーマーが落ち着くと、彼は生産効率を大幅に改善し、利益率を高めることができた。 その後、ロイ・F・ファーマーが会長、CEO、社長を歴任する中で、1998年には売上高2億4,000万ドルのピークを迎えた。 この時点で、同社はアメリカ西部の29州に100近い支店を持っていた。 しかし、この頃、同社は株主の反感を買うようになった。株主は、会社の運営と市場戦略の透明性を高め、経営陣がウォール街のアナリストと協力することを求め、取締役会に独立取締役を加えることを要求した。 このような状況にもかかわらず、同社はかなりの非公開企業であり続けた。
ファーマーの死後、グエンター・ベルガーが最高経営責任者を務め、ロイ・E・ファーマーは一旦退社。 その後、ロジャー・M・ラバティ3世がCEO兼社長に就任し、ファーマー・ブラザーズはCEO時代に、コーヒービーン・インターナショナルとサラ・リーのダイレクト・ストア・デリバリー・コーヒー事業を買収した。 後者の買収額は4,500万ドルと言われています。 彼は2011年4月まで務めた。
2012年3月、同社はマイケル・キーンを新たなCEO兼社長に任命した。 マイケル・キーンは、ディーン・フーズ・カンパニーの子会社であるホワイトウェーブ・フーズから入社しました。 その後、2013年4月15日、ファーマー・ブラザーズはマーク・ネルソンを新しいCFOに任命した。
2015年4月28日、ファーマー・ブラザーズは、年間約1,200万～1,500万ドルの経費削減のために、本社をトーランスからテキサス州ノースレイクに移転することを発表した。 社長兼CEOのマイク・キーンは、”全米の顧客基盤の中心に位置する最先端の施設に本社を移転し、将来の成長をサポートするために製造能力を増強します。” と述べています。 ノースレイクの新本社は2016年にオープン予定で、300人の新規雇用をもたらし、ノースレイク最大の雇用主となる予定です。
2016年、ファーマー・ブラザーズはBoyd’s Coffeeを買収しました。