2000年のシーズン終了後、Madison Black Wolfが売却され、Lincolnに移転したことでSaltdogsが結成されました。 2001年から2005年までノーザン・リーグに所属していました。
ソルトドッグスは、2009年にアメリカン・アソシエーションで優勝し、初のリーグタイトルを獲得しました。 レギュラーシーズンの成績は49勝47敗でしたが、リンカーンは27勝21敗で後半戦の北地区のタイトルを獲得し、前半戦の北地区のチャンピオンであるウィチタ・ウィングナッツをディビジョンシリーズで3勝2敗で破り、チャンピオンシップに進出しました。
リンカーンは2010年に創立10周年を迎え、過去5シーズンで4回目のプレーオフ進出を果たしました。
リンカーンは2010年に創立10周年を迎え、過去5シーズンで4回目のプレーオフ進出を果たしました。ソルトドッグスは51勝45敗で、10年ぶり7回目の50勝達成、10年ぶり9回目の5割超えを達成しました。 2010年、ソルトドッグスはディビジョン優勝を逃しましたが、総合成績はワイルドカードでポストシーズンに出場するのに十分なものでした。
ソルトドッグスは、アメリカン・アソシエーションに移籍してからの2年間は、いずれもプレーオフに進出しました。
ソルトドッグスは、アメリカン・アソシエーションに移籍してからの2年間、いずれもプレーオフに進出し、2006年と2007年には、リーグのレギュラーシーズン総合成績でトップに立ち、北地区の4つのタイトルのうち3つを獲得しました（2006年は前半戦と後半戦の両方、2007年は前半戦のタイトル）。 2007年の14連勝は、チーム史上最長の記録です。
カッシュ・ボーキャンプはソルトドッグス史上初の監督でしたが、その任期は2001年シーズンの42試合にとどまり、チームは21-21（.500）で終わりました。 その後、レス・ランカスター投手が監督に就任し、2001年、2002年とリンカーンをプレーオフに導いています。 ランカスターは監督就任後、最初の10日間は選手兼任であったが、その後は専らベンチ入りした。 ランカスターは、チームをレギュラーシーズンで86-53（.619）、ポストシーズンで6-7という成績に導きました。 2002年のシーズン終了後、ランカスターは退団し、後任には元トロント・ブルージェイズの監督、ティム・ジョンソンが就任しました。 ジョンソンはソルトドッグスで6シーズンを過ごし、レギュラーシーズンで314-252（.555）、ポストシーズンでは2-9の成績を残しました。 ジョンソン監督の下、リンカーンは3度プレーオフに進出し（2005年、2006年、2007年）、3つのディビジョン優勝を果たしました（アメリカン・アソシエーション2006年前半・後半北ディビジョン優勝、2007年前半北ディビジョン優勝）。 ジョンソンは2008年シーズン終了後に監督を辞任し、後任には2008年シーズンにトリプルAのニューオーリンズ・ゼファーズを率いていたマーティ・スコットが就任した。 スコットは、セントポール・セインツの監督として1995年から2000年にかけて2度の優勝を経験しており、2009年にはリンカーンを監督として4度目となる優勝に導きました。
2020年には、COVID-19パンデミックの影響で、ソルトドッグスが凝縮されたシーズンに参加する6チームのひとつに選ばれなかったことがリーグから発表されました。 今シーズンは活動を休止し、2021年に復帰する予定です。
