元連邦警察官のフェリックス・ガヤルドは、麻薬密売人のために国家公務員の汚職を仲介する仕事を始め、アビレスという犯罪組織で働いていたパートナーのラファエル・カロ・キンテロとエルネスト・フォンセカ・カリーリョは、アビレスがMFJP警察官との銃撃戦で死亡した後、密売ルートを掌握したという。 アビレスは、ギャングの財務担当者であるフォンセカが仕組んだものと考えられています。 1970年代にメキシコから米国への麻薬流入を阻止するために実施されたメキシコの麻薬対策プログラム「コンドル作戦」（スペイン語：Operación Cóndor）が実施された後、シナロア州の多くの麻薬密売人がハリスコ州のグアダラハラに再集結し、活動を継続しました。 その結果、1978年から1980年にかけて、グアダラハラ・カルテルが結成されました。
大規模なマリファナ・プランテーションは、1980年代初頭から始まりました。 それまでのプランテーションは、人目につきにくく、井戸を掘らなくても灌漑ができるような山間部の僻地にあることが多かった。 収穫量は少なく、品質にもばらつきがあり、輸送コストもかかっていた。 しかし、この新しいプランテーションには、アメリカのカリフォルニア州やオレゴン州の大麻栽培者が開発した改良品種の種が使われていた。この新品種は、メキシコの栽培者の間では「シンセミラ」（種なしの意）と呼ばれ、種なしの大麻栽培が初めて大規模に行われるようになったのである。 種のないマリファナの栽培が初めて大々的に行われたのである。この強力で高品質な品種は、北米市場でより高い価格で取引された。
これらの新しいプランテーションは、交通費のかからない砂漠地帯に設置されましたが、同時にいくつかの新しい問題にも直面しました。 砂漠での生産には、灌漑のために井戸を掘る必要がありましたが、メキシコには井戸を掘ることを規制する厳しい法律があり、この問題は最終的に大規模な賄賂によって解決されました。 また、不毛の砂漠では、農園を見つけるのが簡単で、農園が大きければ大きいほど見つけやすい。
1970年代から1980年代前半にかけて、アメリカに密輸されたコカインの大半は、コロンビアの麻薬カルテルによってフロリダやカリブ海を経由して取引されていました。 しかし、1980年代半ばまでにこれらの地域での法執行が強化されたため、コロンビアの麻薬王たちは活動の場をメキシコに移しました。 フアン・マッタ＝バレステロスは、グアダラハラ・カルテルとコロンビアのコカイン・カルテルとの主要な接点だった。 マッタはもともと、フェリックス・ガヤルドの前任者であるアルベルト・シシリア＝ファルコンを、コロンビア最大の麻薬カルテルの1つであるカリ・カルテルのサンティアゴ・オカンポに紹介していた。 グアダラハラカルテルは、毎月何トンものコカインを米国に輸送することに成功していた。 グアダラハラ・カルテルの密輸業者は、サービスの対価として現金を受け取るのではなく、コロンビアから輸送したコカインの50％をカットしていました。 フェリックス・ガヤルド、エルネスト・フォンセカ・カリージョ、ラファエル・キンテロの3人が運営していた当時の密輸ネットワークは、年間50億ドルの利益を上げていたとも言われていますが、これは彼らにとって非常に有益なことでした。 ピーター・デール・スコットによれば、この組織が繁栄したのは、ミゲル・ナザール・ハロ長官率いるメキシコの情報機関DFSの保護を受けていたからだという。
しかし、1985年、グアダラハラ・カルテルは、共同創設者のラファエル・カロ・キンテロが、アメリカのDEA捜査官エンリケ・カマレナを拷問して殺害した罪で捕まり、後に有罪判決を受けたことで、大きな打撃を受けた。 カマレナは、1984年11月にチワワ州にあるランチョ・ブファロ（英語で「バッファロー・ランチ」）と呼ばれる組織の2,500エーカーのマリファナ農園を破壊するきっかけとなった情報をDEAに提供したとカルテルが疑っていた潜入捜査官である。 当局は1万トン以上のマリファナを焼却し、合計で約1億6000万円の損失を出したと言われています。 これをきっかけに、カロ・キンテロをはじめとするグアダラハラカルテルの高官たちは、DEAとカマレナに報復しようとしたとされる。 その報復として、1985年2月7日、カマレナとパイロットのアルフレド・ザバラ・アベラルは、白昼堂々とDFSの数人の警官に誘拐され、市の西部に位置するコロニア、ジャルディネス・デル・ボスケのロペ・デ・ベガ881番地にあるキンテロが所有する邸宅に連れて行かれ、残酷な拷問を受けた後、殺害された。
カマレナは、麻薬カルテルに対する法執行活動についての知識や、麻薬取引に関わるメキシコの政治家についてDEAが持っている可能性のある情報を得るために、尋問と拷問を受けました。 30時間以上の拷問の間に、Camarenaの頭蓋骨、顎、鼻、頬骨、気管、肋骨が折れ、誘拐犯は医師を連れてきて、捜査官の意識を保つために薬を投与しました。 誘拐犯は、カマレナの尋問の一部を録音していた。 最後の一撃は、鉄筋などの金属片で彼の頭蓋骨を押しつぶしたときだったようだ。 その約1ヵ月後、カマレナとザバラの死体は隣のミチョアカン州に運ばれ、道路脇の溝に捨てられて1985年3月5日に発見された。 その後、カロ・キンテロは1985年3月9日に仲間と恋人のサラ・クリスティーナ・コジオ・ガオナを連れてメキシコを出発した。 メキシコ司法警察の元長官アルマンド・パボン・レイエスは、30万ドルの賄賂を受け取った後、カロ・キンテロがグアダラハラの空港からプライベート・ジェットでコスタリカに避難するのを許可したと言われている。
また、カロ・キンテロは、カマレナ誘拐のわずか8日前の1985年1月30日に、作家のジョン・クレイ・ウォーカーと歯学生のアルバート・ラデラットの誘拐、拷問、殺害を指示したとされている。 疑惑によると、2人のアメリカ人はグアダラハラのレストランで食事をしていたところ、偶然にもキンテロのプライベートパーティーに入ってきたカロ・キンテロとその部下に遭遇した。 その後、カロ・キンテロは部下に命じてアメリカ人を捕まえ、店の部屋に連れて行き、アイスピックを使った拷問や尋問を行ったと言われています。 ジョン・ウォーカーは頭部への鈍器による外傷で現場で死亡。 アルバート・ラデラはまだ生きていたが、テーブルクロスに包まれて街の近くの公園に運ばれ、埋められた。 2人の遺体は半年後、サポパンのサン・イシドロ・マサテペック公園で埋められた状態で発見された。
カマレナ捜査官の殺害は、米国政府を激怒させ、メキシコに事件の主要人物を全員逮捕するよう圧力をかけ、4年間にわたる捜査の結果、グアダラハラカルテルのリーダー数人を逮捕した。 1985年4月にラファエル・カロ・キンテロとエルネスト・フォンセカ・カリージョ（「ドン・ネト」）がカマレナ殺害の容疑で逮捕された後、フェリックス・ガヤルドは目立たないようにしていたが、1987年に家族とともにグアダラハラ市に移住した。 ゴッドファーザー “ことフェリックス・ガヤルドは、自分が支配している商売を分割したほうが効率的であり、一度の法執行で逮捕される可能性も低くなると考えた。 いわば、メキシコの麻薬ビジネスを民営化して地下に送り込み、知名度の低い、あるいはまだDEAに知られていないボスが運営するようにしたのである。 フェリックス・ガヤルドは、リゾート地アカプルコの家に全国の麻薬組織のトップを集め、そこに「プラザ（縄張り）」と呼ばれる領域を指定した。 麻薬王ごとに、アメリカへの麻薬の輸送と、商品の輸送を希望する密輸業者への課税を行う地域が決められていた。 ティファナのルートは、彼の甥であるアレリャノ・フェリックス兄弟が担当した。 シウダー・フアレスのルートは、フォンセカ・カリージョの甥であるアーマド・カリージョが率いるカリージョ・フエンテス一家が担当する。 ミゲル・カロ・キンテロがソノラの回廊を仕切る。 タマウリパス州マタモロスの回廊（当時はガルフ・カルテルとなっていた）は、フアン・ガルシア・アブレゴに任せた。 一方、ホアキン・”エル・チャポ”・グスマン・ロエラとイスマエル・ザンバダ・ガルシアは、太平洋岸での活動を引き継ぎ、シナロア・カルテルとなった。 グスマンとザンバダは、ベテランのエクトル・ルイス・パルマ・サラザールを組織に戻した。 フェリックス・ガヤルドは、まだ全国的な活動を監督する予定で、人脈もあったので、まだトップではあったが、ビジネスの詳細をすべてコントロールすることはできなくなり、1989年4月8日に逮捕された。
また、アマド・カリヨ・フエンテスは、かつてグアダラハラカルテルに所属していたが、叔父のエルネスト・フォンセカ・カリヨのコカイン輸送を監督するためにチワワ州オジナガに派遣され、「オジナガの狐」ことパブロ・アコスタ・ビジャレアルから国境業務を学んだとされる。
現在、これらの派閥やその残党は、密売ルートの支配、メキシコ政府への影響力、過去の罪や裏切りへの報復などをめぐって、互いに争っている。 この争いは「メキシコ麻薬戦争」と呼ばれています
。